流入市场上的畜禽未检疫，一般由县级以上地方人民政府农业农村主管部门（或动物卫生监督机构）负责处罚。具体处罚措施和责任主体，依据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与责任主体
根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，对于屠宰、经营、运输的动物未附有检疫证明，或者经营、运输的动物产品未附有检疫证明、检疫标志的行为，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门（或动物卫生监督机构）责令改正，并处以罚款。这一规定明确了处罚的责任主体和法律依据。
二、具体处罚措施
对货主的处罚：
- 若货主屠宰、经营、运输的动物未附有检疫证明，或者经营、运输的动物产品未附有检疫证明、检疫标志，将由县级以上地方人民政府农业农村主管部门（或动物卫生监督机构）责令改正，并处同类检疫合格动物、动物产品货值金额百分之十以上百分之五十以下罚款（也有说法为一倍以下罚款，具体依据最新法规或地方实施细则）。
对承运人的处罚：
- 若承运人运输的动物或动物产品未附有检疫证明或检疫标志，且承运人并非货主，将由县级以上地方人民政府农业农村主管部门（或动物卫生监督机构）对承运人处运输费用一倍以上三倍以下罚款（也有说法为三倍以上五倍以下罚款，情节严重的处五倍以上十倍以下罚款，具体依据最新法规或地方实施细则）。
三、特殊情况的处理
双方都明知未检疫的情况：
- 若销售方和购买方都明知畜禽未检疫而进行交易，且购买方已收到并经营畜禽，则双方均要受到处罚。处罚金额将视经营畜禽的货值而定。
购买方对未检疫并不知情的情况：
- 若购买方对畜禽未检疫并不知情，且未收到畜禽（如销售方在运输途中被查获），则购买方未发生经营畜禽行为，不予处罚。
购买方购买未经检疫的畜禽用于自养自食的情况：
- 若购买方购买未经检疫的畜禽仅用于自养自食，未发生经营畜禽行为且屠宰畜禽仅自食，则不予处罚。
四、法律后果与建议
- 法律后果：违反动物防疫法的规定，不仅可能面临罚款等行政处罚，还可能因导致动物疫病传播、流行而给他人人身、财产造成损害，甚至构成犯罪，依法追究刑事责任。
- 建议：相关单位和个人应严格遵守动物防疫法规，确保畜禽及其产品的安全和健康。在购买、运输、屠宰、经营畜禽及其产品时，务必要求提供有效的检疫证明和检疫标志，以避免不必要的法律风险和经济损失。
如有任何关于动物防疫法或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答。