关于工程已交付但未结算时，诉讼时效的起算问题，结论如下：
诉讼时效的起算点需根据具体情况来判断，主要分为以下几种情况：
合同中有明确约定付款时间的：
- 如果建设工程合同中明确约定了付款时间，那么诉讼时效从约定的付款期限届满之日起计算。例如，合同约定工程竣工后30天内支付全部工程款，那么工程竣工且30天期限届满后，即开始计算三年的诉讼时效。
合同中没有明确约定付款时间，但工程已实际交付的：
- 在这种情况下，诉讼时效从建设工程交付之日起算。因为工程交付意味着发包人能够实际使用该工程并从中受益，此时承包人应及时主张权利。例如，工程于2023年1月1日交付，那么诉讼时效从该日起开始计算三年。
合同中没有明确约定付款时间，且工程未交付的：
- 如果建设工程未交付，但承包人已提交竣工结算文件，诉讼时效从承包人提交竣工结算文件之日起算。这表明承包人已完成合同主要义务，并向发包人提出了付款请求。
- 如果建设工程未交付，且工程价款也未结算，同时双方无法达成补充协议确定付款时间，那么诉讼时效可能从承包人向发包人提交竣工结算文件之日或者承包人起诉之日起开始计算。具体起算点可能因法院的具体裁判规则和案件事实而有所不同，例如，有观点认为应从承包人提交竣工结算文件满一定期限（如28天）后开始计算，因为此时应视为发包方已收到并审核了结算文件，若未提出异议则应视为认可。
诉讼时效的中断与重新计算：
- 在诉讼时效期间内，如果承包人向发包人发函催要工程款、发包人同意履行义务、承包人提起诉讼或者申请仲裁等情形，都会导致诉讼时效中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算。因此，承包人应注意及时通过书面等有效方式主张权利，以维护自身合法权益。
特殊情况的处理：
- 如果双方一直在进行协商或通过其他方式尝试解决争议，诉讼时效的起算可能会受到影响。例如，如果双方在协商过程中达成了某种临时协议或谅解，那么诉讼时效可能会从该协议或谅解失效之日起重新计算。
建议与注意事项：
及时主张权利：
- 承包人应密切关注工程款的支付情况，一旦发现存在未结算或拖欠的情况，应及时向发包人提出履行请求，以避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。
保留证据：
- 在主张权利的过程中，承包人应注意保留相关证据，如催款函件、电子邮件、通话记录、提交竣工结算文件的凭证等，以证明自己在诉讼时效期间内向发包人提出了履行请求。
关注法律变化：
- 诉讼时效制度可能会随着法律的变化而调整。因此，在处理具体案件时，需要关注最新的法律法规和司法解释，以确保自身权益得到有效保障。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。