结论：员工一般不可以起诉称公司间转账的出借款项是自己的，但在特定情况下可能存在例外。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况：员工无权主张款项归属
款项性质与归属：
- 公司间转账通常涉及的是公司之间的资金往来，这些资金属于公司的财产，而非员工个人财产。
- 除非有明确的证据表明该款项是员工个人所有，并且公司只是代为转账或管理，否则员工无权主张该款项的归属。
法律关系：
- 在公司间转账的法律关系中，员工通常不是直接的法律主体。转账行为是公司之间的法律行为，与员工个人无关。
- 如果员工试图主张款项归属，需要证明其与该款项之间存在直接的法律关系，如借款合同、赠与合同等，这在公司间转账的情境下是极为罕见的。
二、特定情况：员工可能主张款项归属
存在明确的个人借款关系：
- 如果员工能够证明公司间转账的款项实际上是其个人借给公司的，并且双方之间存在明确的借款合同或协议，那么员工在特定条件下（如公司未按时还款）可以起诉要求公司归还借款。
- 但这种情况下，员工需要承担举证责任，证明借款关系的存在以及款项的实际归属。
公司滥用员工账户进行转账：
- 如果公司未经员工同意，擅自使用员工个人账户进行公司间转账，并且员工能够证明这一点，那么员工可能有权要求公司停止侵权行为，并赔偿因此造成的损失。
- 但这种情况下，员工需要证明公司存在滥用账户的行为，以及该行为给自己造成了实际损失。
三、法律建议与风险提示
保留证据：
- 如果员工认为公司间转账的款项与自己有关，应尽可能保留相关证据，如转账记录、借款合同、沟通记录等，以便在必要时证明自己的主张。
谨慎行事：
- 在没有充分证据的情况下，员工不应轻易主张公司间转账的款项归属自己，以免引发不必要的法律纠纷。
寻求专业帮助：
- 如果员工对公司间转账的款项归属存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。
总结：员工一般不可以起诉称公司间转账的出借款项是自己的，除非存在明确的个人借款关系或公司滥用员工账户进行转账等特定情况。在处理此类问题时，员工应谨慎行事，保留相关证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。