建设单位在厂房楼层内加建设备用房是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、规划与审批角度

1. 规划许可：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何单位或个人进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。因此，若建设单位在厂房楼层内加建设备用房未取得建设工程规划许可证，则该行为属于违法建设。

2. 审批流程：即使建设单位取得了建设工程规划许可证，也需严格按照许可证上载明的建设规模、建设内容、建设位置等进行建设。若加建的备用电房超出了规划许可的范围或改变了规划许可的内容，同样可能构成违法建设。

二、产权与业主权益角度

1. 产权归属：若厂房楼层内的空间属于业主共有部分，如公共走廊、楼梯间等，则建设单位无权擅自加建备用电房。擅自加建可能侵犯其他业主的共有权利，导致法律纠纷。

2. 业主同意：即使建设单位认为加建备用电房是为了全体业主的利益，也需事先征得业主大会或业主委员会的同意，并按照相关法律法规和业主公约的规定进行。未经业主同意擅自加建，同样可能构成违法或违约行为。

三、安全与消防角度

1. 建筑安全：加建备用电房需考虑建筑结构的承载能力和安全性。若加建行为导致建筑结构受损或存在安全隐患，则可能违反建筑安全相关法律法规。

2. 消防安全：备用电房作为电气设备集中的场所，需符合消防安全要求。若加建行为未考虑消防安全因素，如未设置消防通道、未配备消防设施等，则可能违反消防安全相关法律法规。

四、建议与措施

1. 咨询规划部门：建设单位在加建备用电房前，应先咨询当地城乡规划主管部门，了解相关规划和审批要求，确保加建行为合法合规。

2. 征得业主同意：若加建行为涉及业主共有部分或可能影响其他业主的利益，建设单位应事先征得业主大会或业主委员会的同意，并签订相关协议明确双方的权利和义务。

3. 确保安全合规：加建备用电房时，建设单位应确保建筑结构和消防安全符合相关法律法规和标准要求，避免因安全问题引发法律纠纷。

若您对建设单位在厂房楼层内加建设备用房的合法性有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。