公司存在仲裁案件时，仍然可以申请破产，关键在于公司是否满足法律规定的破产条件。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、破产申请的法律依据与条件
根据《中华人民共和国企业破产法》第二条的规定，企业法人若不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力，可以依法进行重整、和解或破产清算。这一规定明确了公司申请破产的法律依据主要基于其财务状况，特别是债务清偿能力，而非是否存在仲裁案件。因此，只要公司符合上述破产条件，即使面临仲裁，也有权向人民法院提出破产申请。
二、仲裁与破产申请的关系
- 独立性：仲裁是针对公司与特定主体（如债权人、劳动者）之间争议的法律程序，而破产申请则是针对公司整体财务状况的法律程序。两者在法律上相互独立，互不构成障碍。
- 债务性质：仲裁所涉及的债务只是公司众多债务中的一部分。即便存在未了结的仲裁案件，只要公司整体财务状况符合破产条件，仍有权申请破产。
- 申请目的：在公司陷入严重财务困境，无法维持正常经营，且继续存续可能使债务问题更加恶化时，为了公平清理债权债务，保护全体债权人的合法权益，公司可以向人民法院提出破产申请。
三、破产程序中的仲裁债权处理
- 债权审查与确认：在破产程序中，管理人会对所有债权进行审查和确认，包括仲裁裁决确定的债权。这确保了仲裁债权的合法性和有效性在破产程序中得到认可。
- 清偿顺序：根据破产法的规定，劳动债权等特定债权在破产财产清偿顺序中通常优先于普通债权受偿。这体现了法律对劳动者等弱势群体的保护。如果仲裁案件涉及劳动债权，那么劳动者的权益在破产程序中会得到优先保障。
四、公司申请破产的程序与影响
- 申请程序：公司作为债务人向法院提出破产申请时，需要提交破产申请书和有关证据。破产申请书应载明申请人、被申请人的基本情况，申请目的（如破产清算、重整或和解），以及申请的事实和理由等事项。法院受理破产申请后，会指定管理人负责公司的财产清理、管理、处分和分配等工作。
- 影响分析：
- 对仲裁案件的影响：一旦公司进入破产程序，仲裁案件的处理可能会受到影响。具体来说，仲裁裁决确定的债权将作为破产债权在破产程序中参与分配。同时，仲裁程序可能需要与破产程序相协调，以确保仲裁结果的执行与破产财产的分配相一致。
- 对公司的影响：破产程序的启动会对公司的经营状况、信用记录以及未来发展等产生一定影响。但这也是为了公平解决公司的债务问题，保护全体债权人的合法权益。
五、实际操作建议
- 及时评估财务状况：公司应定期评估自身的财务状况，一旦发现符合破产条件，应及时考虑申请破产以避免债务问题进一步恶化。
- 协调仲裁与破产程序：如果公司存在未了结的仲裁案件，应在申请破产前与仲裁机构和管理人进行沟通，确保仲裁程序与破产程序的顺利衔接。
- 保护劳动者权益：如果仲裁案件涉及劳动债权，公司应特别关注劳动者的权益保护问题，确保劳动者的工资、经济补偿等权益在破产程序中得到优先保障。
综上所述，公司存在仲裁案件并不妨碍其申请破产。关键在于公司是否满足法律规定的破产条件，并按照法定程序进行申请。在破产程序中，仲裁债权的合法性和有效性会得到认可，并且劳动者的权益会得到优先保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。