对于双方合作协议，加盖合同章或公章在法律效力上均是有效的，但具体选择应根据公司内部印章使用管理制度、合作方的要求以及常规做法来综合考量。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同章的法律效力与使用场景

   • 合同章是专门用于签订各类经济合同的印章，它体现了公司对协议内容的认可和承诺。
   • 在合作协议上加盖合同章，能够明确表明该协议是公司对外签订合同的行为，代表公司就该合作事项作出意思表示。
   • 合同章具有确认合同效力的作用，合法有效，能够确保协议的合法性和双方权益的保护。在常规操作中，由于项目合作协议本质上是一种经济合同，旨在明确合作双方的权利和义务，因此加盖合同章是更为常见和合适的做法。

2. 公章的法律效力与使用场景

   • 公章是公司处理内外部事务的最高法律效力印鉴，代表公司的整体意志。
   • 它通常用于公司的重要文件、证照、决议等正式场合，其法律效力广泛且权威。
   • 在合作协议上加盖公章，意味着公司对项目合作协议的内容予以最高级别的认可，并承担相应的法律责任。虽然公章的法律效力更高，但在合作协议这类经济合同上，使用公章并非必须，除非公司内部管理制度有特别要求或合作方有特别要求。

3. 选择依据与实际操作建议

   • 公司内部管理制度：公司应根据自身设立的印章使用管理制度来决定具体使用哪种印章。若制度规定某些类型的合同统一使用合同章，则项目合作协议应盖合同章；若无明确要求，使用公章也是可行的，但需考虑合作方的意见和常规做法。
   • 合作方要求：在某些特殊情况下，合作方可能对印章类型有特别要求。此时，公司应与合作方协商，并根据相关法律法规和公司章程的规定来确定最终使用的印章类型。
   • 常规做法：由于项目合作协议是经济合同的一种，加盖合同章是符合常规做法的。这样做既能体现公司对协议的认可和承诺，也能确保协议的合法性和有效性。

总结与建议：

• 在大多数情况下，加盖合同章是更为合适的选择，因其专门用于经济合同的签订，能够更好地保障公司的合法权益和协议的合法性。
• 若公司内部管理制度或合作方有特别要求，则应根据具体情况选择使用公章或合同章。
• 在实际操作中，公司应灵活应对各种情况，确保印章使用的合规性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律意见。