公司制度程序不合法的表现主要包括以下几个方面：
制定程序违法：
- 未遵循民主程序：根据《公司法》及相关规定，公司制度的制定，尤其是涉及员工切身利益的规章制度，应当经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若公司未遵循这一程序，直接制定并实施制度，则构成程序违法。
- 未公示或告知员工：公司制度制定后，应当通过适当方式公示或告知员工，确保员工知晓并理解制度内容。若公司未进行公示或告知，员工对制度内容不知情，该制度在程序上也是不合法的。
内容违法：
- 违反法律法规强制性规定：公司制度的内容不得违反国家法律法规的强制性规定，如劳动法、劳动合同法等。若制度中存在违法条款，如低于最低工资标准、违法解除劳动合同等，则该制度内容不合法。
- 侵犯员工合法权益：公司制度不得侵犯员工的合法权益，如休息权、隐私权、人格尊严等。若制度中存在侵犯员工权益的条款，如强制加班、搜查员工身体等，则该制度内容同样不合法。
修改程序违法：
- 未遵循法定修改程序：公司制度的修改同样需要遵循法定程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商等。若公司未遵循这些程序直接修改制度，则修改程序违法。
- 修改内容未公示或告知：与制定程序类似，修改后的制度内容也需要通过适当方式公示或告知员工。若公司未进行公示或告知，员工对修改后的制度内容不知情，该修改在程序上也是不合法的。
法律后果与建议：
- 法律后果：若公司制度程序不合法，可能导致制度无效，无法对员工产生约束力。同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。在劳动争议中，不合法的制度也可能成为公司败诉的原因之一。
- 建议：为避免公司制度程序不合法带来的风险，公司应当严格遵守法律法规规定的制定和修改程序，确保制度的合法性和有效性。同时，公司还应当加强员工对制度的培训和宣传，确保员工知晓并理解制度内容，减少因制度不合法而引发的劳动争议。
举例说明：
假设某公司制定了一项关于加班的规定，但未经过职工代表大会讨论，也未与工会或职工代表平等协商确定，直接实施。后来，一名员工因拒绝加班被公司处罚，员工认为公司加班规定不合法，提起劳动争议仲裁。仲裁机构在审理后认为，公司加班规定制定程序违法，内容也未经过民主程序确定，因此认定该规定无效，公司不得依据该规定对员工进行处罚。
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