结论：能否申请返还需分情况讨论，主要取决于款项性质、借用资质的协议内容及实际履行情况，以下分情况具体分析：

1. 若款项属于借用资质的“管理费”或“挂靠费”
   若双方约定借用资质需支付费用（如按项目比例或固定金额），且款项性质明确为“管理费”“挂靠费”等，则该款项可能被认定为合法或违法所得：

   • 合法情形：若资质借用行为本身不违反法律强制性规定（如某些行业允许内部合作挂靠），且费用约定合理，出借方可能无权要求返还，但需注意部分行业（如建筑、医疗）可能因资质借用违反行政法规导致合同无效，此时费用可能需返还或按过错分担。
     
   • 违法情形：若资质借用行为违反《建筑法》《招标投标法》等禁止性规定（如无资质单位借用有资质单位名义承揽工程），则双方协议可能因违法而无效，出借方有权要求返还已收取的费用，但需根据过错程度承担相应责任（如返还部分或全部款项）。

2. 若款项属于项目工程款或货款
   若款项是借用资质方实际承揽项目后产生的工程款、货款等，且款项本应支付给出借资质方（如合同相对方为出借方），但实际支付给了借用方：

   • 出借方有权追偿：出借方作为合同名义主体，可依据《民法典》第985条（不当得利）要求借用方返还，但需证明款项实际应归属出借方（如合同约定、行业惯例等）。
     
   • 借用方可能抗辩：若借用方能证明款项是其实际履行合同义务后的对价（如自行采购材料、支付工人工资等），可能主张款项应归其所有，此时需结合合同履行情况、资金流向等综合判断。

3. 若款项属于借款或投资款
   若双方约定款项为借款或投资款，与资质借用无关：

   • 借款关系：出借方有权依据《民法典》合同编要求返还本金及利息（如有约定），但需证明借款合意（如借条、转账备注等）。
     
   • 投资关系：若款项为投资款，则需按投资协议约定处理，可能涉及利润分配、亏损承担等，返还需双方协商或通过诉讼解决。

建议行动：

1. 梳理证据：收集资质借用协议、款项支付凭证、合同履行记录等，明确款项性质及双方权利义务。
   
2. 协商解决：优先与对方沟通，明确返还意愿及金额，避免诉讼成本。
   
3. 法律途径：若协商无果，可依据证据向法院起诉，主张返还（如不当得利、合同无效等），但需注意诉讼时效（一般为3年）。
   

风险提示：资质借用行为本身可能涉及行政处罚（如罚款、吊销资质），甚至刑事责任（如重大安全事故中挂靠方与被挂靠方可能构成共同犯罪），建议谨慎处理。

如有进一步细节（如行业、款项金额、协议内容等），可向我补充说明，以便更精准分析。