结论：年满16周岁发生性关系是否违法，需根据具体情况来判断，若双方自愿且不存在特殊情形，一般不构成犯罪；但若存在强迫、欺骗或利用特殊身份等情形，则可能构成犯罪。以下从不同角度进行详细分析：
一、基本法律规定与自愿性考量
自愿性原则：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，强奸罪的核心在于违背妇女意志，使用暴力、胁迫或其他手段强行发生性关系。若双方均为自愿，且不存在其他违法情形，则不构成强奸罪。
- 对于年满16周岁的女性，法律上已视为具有完全民事行为能力，能够自主决定自己的性行为。因此，若双方自愿发生性关系，且未造成严重后果，通常不视为犯罪。
特殊情形的法律考量：
- 利用职权或从属关系：如果一方利用职权、从属关系（如师生关系、上下级关系等），或以胁迫手段（包括精神压力、威胁等）与年满16周岁的女性发生性关系，即使她表面“自愿”，也可能因这些外部因素而构成强奸罪。
- 精神智力障碍：若女性因精神智力障碍无法正确表达自己意愿，即使年满16周岁，与其发生性关系也可能涉嫌犯罪，因为这违背了她的真实意愿和法律保护的原则。
二、特殊职责人员的责任
- 对于已满14周岁但未满16周岁的未成年女性，如果与其发生性关系的人员负有监护、收养、看护、教育、医疗等特殊职责，那么这种行为将构成负有照护职责人员性侵罪，依法应受严厉制裁。这一规定同样适用于年满16周岁但处于特殊职责关系下的女性，若行为人利用特殊身份与其发生性关系，即使女性自愿，也可能构成犯罪。
三、道德与社会责任
- 道德层面：虽然法律上可能不视为犯罪，但与年满16周岁的女性发生性关系仍应谨慎考虑道德和社会责任。未成年人可能在情感、心理和经验上尚未完全成熟，无法充分理解性行为的深远影响。作为成年人，应尊重未成年人的权利和意愿，避免利用他们的不成熟来建立不适当的关系。
- 社会责任：社会各界应加强对未成年人的保护和性教育，帮助他们树立正确的性观念，增强自我保护意识。同时，对于涉及未成年人的性行为，应给予更多的关注和引导，确保他们的身心健康和合法权益不受侵害。
四、实际建议与风险提示
- 谨慎行事：在处理与未成年人的关系时，应特别注重保护他们的权益和尊严。即使女性已年满16周岁且自愿发生性关系，也应谨慎考虑其行为可能带来的后果和影响。
- 遵守法律：务必遵守相关法律法规，避免任何形式的性侵犯和性剥削。若存在特殊情形或不确定是否构成犯罪时，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。
- 关注心理健康：性行为对未成年人的心理健康可能产生深远影响。因此，在涉及未成年人的性行为时，应关注他们的心理健康状况，必要时提供心理支持和帮助。
总结：年满16周岁发生性关系是否违法取决于具体情况。在双方自愿且不存在特殊情形时，一般不构成犯罪；但若存在强迫、欺骗或利用特殊身份等情形时，则可能构成犯罪。因此，在处理此类问题时，应谨慎行事、遵守法律并关注未成年人的身心健康。如有任何疑问或担忧，请直接向我咨询。