原告在协议承诺书中不承认某些内容，但以此为依据起诉被告，其起诉是否有效，需根据具体情况来判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 协议承诺书的法律效力：

   • 协议承诺书，若是在双方自愿、平等、公平的基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么它通常具有法律效力。这意味着，协议中的条款对双方都有约束力。
   • 如果原告在协议承诺书中明确表示不承认某些内容，但这并不影响协议中其他有效条款的法律效力。关键在于，原告起诉的依据是否与协议中的有效条款相关联。

2. 起诉的有效性：

   • 起诉的有效性主要取决于原告是否提供了足够的证据来支持其诉讼请求，以及这些请求是否在法律上有依据。
   • 如果原告基于协议承诺书中的某些条款（即使原告在承诺书中表示不承认，但这些条款本身具有法律效力）来起诉被告，并且提供了相应的证据，那么起诉在法律上可能是有效的。
   • 另一方面，如果原告起诉的依据是协议中无效或未被承认的部分，且没有其他法律支持，那么起诉可能会被法院驳回。

3. 具体案例分析：

   • 假设协议承诺书中有一条关于支付款项的条款，原告在承诺书中表示不承认该条款（可能是由于误解或笔误），但实际上该条款是双方真实意思的表示，且不违反法律。如果原告后来基于该条款起诉被告要求支付款项，并且提供了交易记录等证据，那么起诉在法律上很可能是有效的。
   • 相反，如果原告起诉的依据是协议中一个明显违反法律或公序良俗的条款（即使原告在承诺书中表示承认），那么这样的起诉在法律上也是无效的。

4. 法律建议：

   • 对于原告而言，在起诉前应仔细审查协议承诺书的内容，确保起诉的依据是合法且有效的。
   • 对于被告而言，如果收到起诉状，应认真分析原告的诉讼请求和依据，评估其合法性，并准备相应的答辩材料。
   • 在任何情况下，双方都应考虑咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到妥善保护。

总结来说，原告在协议承诺书中不承认某些内容，并不直接决定其起诉被告的有效性。关键在于起诉的依据是否合法、有效，以及原告是否能提供足够的证据来支持其诉讼请求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。