基本农田违建主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门的职责：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，自然资源主管部门（原国土资源部门）是负责土地管理和监督的主要部门。
   • 对于基本农田上的违建行为，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
   • 自然资源主管部门还会通过卫片执法等手段监测土地利用情况，及时发现并处理违法占地建设行为。

2. 乡镇人民政府的协助管理：

   • 乡镇人民政府作为基层政府部门，对本行政区域内的土地管理和城乡规划实施工作负有属地管理职责。
   • 在发现基本农田违建行为时，乡镇人民政府应及时制止并报告给上级自然资源主管部门，同时配合上级部门开展联合执法行动。

3. 农业农村部门的角色：

   • 农业农村部门主要负责农村宅基地的管理和改革工作，虽然不直接负责基本农田违建的管理，但在涉及宅基地的违法建设行为时，农业农村部门也会参与监管和查处。
   • 然而，在基本农田违建的情况下，农业农村部门的直接管理作用相对有限，更多是提供政策指导和支持。

4. 法律后果与处罚：

   • 对于基本农田上的违建行为，一旦查实，将面临严厉的法律后果。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，非法占用基本农田的，除了责令退还土地和拆除违建外，还可能面临高额罚款。
   • 如果违建行为造成耕地大量毁坏，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

5. 举报与反映途径：

   • 如果您发现基本农田上存在违建行为，可以向当地县级以上人民政府自然资源主管部门举报或反映情况。
   • 同时，您也可以向乡镇人民政府报告，由乡镇人民政府协助处理或转报给上级部门。

建议与提醒：

• 基本农田是保障国家粮食安全的重要基础，任何单位和个人都不得擅自改变其用途或进行违法建设。
• 如果您对基本农田违建的管理有进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。