1. 核心结论：在未与相关方协商一致的情况下擅自使用营业执照经营店铺，可能涉及违法违规及合同违约风险，需立即停止经营行为，并尽快与对方协商解决争议，必要时通过法律途径处理。

2. 具体分析：

   • 法律风险层面：

     • 若营业执照系通过租赁、合作等方式从他人处取得，未协商一致擅自经营可能违反《民法典》中关于合同履行的规定（如第509条“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”）。若原持有人已明确表示反对或合同中有禁止性条款，擅自经营可能构成违约，需承担赔偿损失等责任。
     • 若营业执照系您自有，但经营行为涉及与他人合作（如合伙、联营），未协商一致擅自经营可能违反《合伙企业法》或合作协议，其他方有权要求停止侵害、赔偿损失，甚至通过诉讼解散合作。

   • 行政监管层面：

     • 根据《市场主体登记管理条例》及实施细则，营业执照的变更、注销等需依法办理。若您与原持有人存在纠纷，擅自使用营业执照可能导致市场监管部门以“擅自变更经营事项”或“无证经营”等理由处罚（如罚款、吊销执照），甚至影响个人信用记录。

3. 处理建议：

   • 立即停止经营：避免风险扩大，减少损失。
   • 协商解决：
     • 若与对方存在合作或租赁关系，主动联系对方，明确争议焦点（如费用分配、经营权限等），尝试达成书面补充协议，明确双方权利义务。
     • 若协商无果，可请求第三方调解（如行业协会、人民调解委员会）或通过诉讼/仲裁解决。
   • 法律途径：
     • 若对方行为构成侵权（如扣押执照、干扰经营），可依据《民法典》第1165条起诉要求停止侵害、赔偿损失。
     • 若涉及合同纠纷，可依据《民事诉讼法》向法院提起诉讼，要求确认合同效力或解除合同。

4. 后续预防：

   • 未来合作或租赁营业执照时，务必签订书面合同，明确经营权限、费用分配、违约责任等条款，避免口头约定。
   • 定期检查营业执照状态，确保合法有效，避免因行政处罚影响经营。

提示：具体操作需结合您的实际情况（如营业执照类型、争议原因等），如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合细节为您提供更精准的建议。