结论：建设工程施工结束后，双方达成结算协议，一般情况下并不改变原有的专属管辖规定，但若结算协议中有明确的管辖约定且该约定合法有效，则可能按照结算协议中的约定来确定管辖法院。

详细分析：

1. 专属管辖的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程施工合同纠纷通常适用专属管辖原则，即由工程所在地的人民法院管辖。这是为了便于法院调查取证、现场勘验，以及更有效地处理与工程相关的纠纷。

2. 结算协议对管辖的影响：

   • 结算协议是双方就工程价款等事项达成的最终协议，但它并不自动改变原有的管辖原则。除非结算协议中明确约定了管辖法院，并且该约定符合法律规定的条件（如不违反级别管辖和专属管辖的规定），否则，结算协议的存在并不影响工程所在地法院的专属管辖权。

3. 结算协议中管辖约定的有效性：

   • 如果结算协议中确实包含了管辖约定，那么需要审查该约定是否合法有效。根据《民事诉讼法》的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。因此，如果结算协议中的管辖约定违反了专属管辖的原则，那么该约定将是无效的。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于建设工程施工合同的双方来说，在签订结算协议时，如果希望改变原有的管辖原则，应当明确在协议中约定，并确保该约定符合法律规定的条件。同时，也应当考虑到改变管辖可能带来的诉讼成本、便利性等因素。
   • 如果双方在结算协议中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院违反了专属管辖的原则，那么任何一方在提起诉讼时，都应当向工程所在地的人民法院提起，以确保诉讼的顺利进行。

可能遇到的法律后果：

• 如果双方在结算协议中约定的管辖法院违反了专属管辖的原则，那么该约定可能被法院认定为无效，导致案件仍然由工程所在地的人民法院管辖。
• 如果双方因为管辖问题产生争议，并因此影响了诉讼的进程和结果，那么双方可能需要承担额外的诉讼成本和时间成本。

进一步思考：

• 在签订建设工程施工合同和结算协议时，双方应当充分考虑管辖问题，并在协议中明确约定，以避免后续因为管辖问题产生争议。
• 如果双方对管辖问题存在疑虑或不确定，可以咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。

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