在执行工程期间，双方达成了协议，是否可以撤诉，这主要取决于诉讼的具体阶段以及双方协议的内容。以下从不同角度为你详细分析：
诉讼阶段的影响
- 未开庭或开庭初期：如果案件尚未进入实质审理阶段，或者刚刚开庭但尚未进行深入辩论，双方达成协议后，原告通常可以向法院申请撤诉。法院在审查撤诉申请后，如果认为撤诉不违反法律规定，一般会裁定准许撤诉。
- 开庭审理后：如果案件已经进入深入审理阶段，甚至已经接近判决，此时撤诉可能会受到法院的严格审查。法院会考虑撤诉是否会影响案件的公正审理、是否损害国家利益或社会公共利益等因素。但即便如此，只要双方协议合法有效，且撤诉不违反法律规定，法院仍有可能准许撤诉。
协议内容的影响
- 协议内容合法有效：双方达成的协议必须合法有效，即协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果协议内容存在违法或无效情形，法院可能不会准许基于该协议的撤诉申请。
- 协议涉及诉讼标的的解决：协议应当明确涉及诉讼标的的解决方式，如工程款的支付、工程质量的修复等。如果协议只是部分解决了诉讼标的，或者对诉讼标的的解决存在模糊或不确定之处，法院可能会要求原告明确撤诉后的后续处理方式，或者对撤诉申请进行更严格的审查。
撤诉的法律后果
- 诉讼程序终结：一旦法院裁定准许撤诉，诉讼程序即告终结。这意味着原告不能再就同一事实和理由向法院提起诉讼，除非存在新的证据或事实。
- 协议履行：撤诉后，双方应当按照协议内容履行各自义务。如果一方不履行协议，另一方可以依据协议向法院提起诉讼或申请仲裁。
建议：
- 在决定撤诉前，双方应当充分协商并达成明确、合法有效的协议。
- 协议内容应当详细、具体，明确涉及诉讼标的的解决方式以及双方的权利义务。
- 在向法院申请撤诉时，应当提交撤诉申请书并附上双方达成的协议作为证据。
- 如果对撤诉的法律后果或协议内容存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
如果你在执行工程期间遇到了类似问题，或者对撤诉、协议履行等方面有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律解答。