结论：女儿能否要回房子，取决于协议的具体内容、性质以及是否符合相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与性质
赠与协议：
- 如果父母与女儿之间签订的协议明确表明，父母将房子赠与女儿，并且该协议符合赠与合同的法律要件（如双方意思表示真实、不违反法律强制性规定等），那么这份协议是有效的。
- 在这种情况下，即使房子已经登记在儿子名下，女儿仍然有权依据赠与协议要求父母履行赠与义务，或者要求确认自己对房子的权益（如果协议中有相关约定且符合法律条件，如已经办理过户登记或满足其他物权变动条件）。但需注意，若房子已登记在儿子名下且无其他约定，直接要求过户可能面临实际困难，需通过法律途径解决。
借款或其他协议：
- 如果协议并非赠与性质，而是借款协议或其他类型的协议，那么女儿能否要回房子将取决于协议的具体内容和法律效果。
- 例如，如果协议是借款协议，且女儿已经履行了借款义务，但父母未按照协议约定将房子过户给女儿或给予其他补偿，女儿可以依据借款协议要求父母承担相应的法律责任。然而，这通常不涉及直接要回房子，而是要求父母履行还款义务或赔偿损失。
二、法律效果与物权变动
物权登记效力：
- 根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
- 在本题中，房子已经登记在儿子名下，从法律上讲，儿子是房子的所有权人。因此，女儿要直接要回房子，需要突破物权登记的效力，这通常需要通过法律途径（如诉讼）来实现，并且需要充分的证据支持其主张。
协议与物权变动的关系：
- 协议本身并不直接导致物权的变动。即使父母与女儿之间签订了协议，如果未按照法律规定办理物权变动手续（如过户登记），房子仍然属于父母或已登记的所有权人（如儿子）。
- 因此，女儿要依据协议要回房子，需要证明协议的有效性以及符合物权变动的法律条件。
三、实际操作与建议
审查协议内容：
- 女儿应首先审查与父母签订的协议内容，明确协议的性质、目的和具体条款。
收集证据：
- 女儿应收集与协议相关的所有证据，包括协议文本、付款凭证（如有）、沟通记录等，以证明协议的有效性和自己的权益。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 鉴于此类问题的复杂性，女儿应直接向我咨询，以便根据具体情况制定合适的法律策略。
考虑法律途径：
- 如果协商无果，女儿可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼过程中，女儿需要充分证明协议的有效性以及自己的权益，并请求法院依法判决。
总结与进一步思考：女儿能否要回房子取决于多种因素，包括协议的内容与性质、法律效果与物权变动以及实际操作中的证据收集和法律途径选择等。因此，建议女儿在明确协议内容的基础上，收集相关证据并直接向我咨询，以便根据具体情况制定合适的法律策略。