结论：通常情况下，合伙人的协议被判决无效后，法院不会判决按照无效协议来执行，但在某些特殊情况下，可能存在看似“按协议执行”的判决结果，不过这并非真正意义上的按无效协议执行，而是基于其他法律考量。以下为你详细分析：
协议无效的常规法律后果
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
在合伙协议被判决无效的情况下，合伙人之间基于该无效协议取得的财产，原则上应当返还。例如，合伙人A按照合伙协议向合伙项目投入了资金10万元，若合伙协议被认定无效，A有权要求返还这10万元投资款。如果无法返还或者没有必要返还，比如合伙项目已经将资金用于购买设备且设备已经使用损耗，那么就需要进行折价补偿。同时，如果因一方过错导致协议无效，给对方造成损失的，过错方还需承担赔偿责任。所以，从常规法律后果来看，法院不会判决按照无效协议来执行。
看似“按协议执行”的特殊情况
- 恢复原状存在困难时的折中处理：在某些情况下，虽然合伙协议被认定无效，但完全恢复原状可能存在困难或者不经济。例如，合伙协议约定了合伙人之间的利润分配方式，在协议无效后，如果按照恢复原状的原则处理，需要对已经进行的经营活动进行复杂的清算和调整，这可能会耗费大量的时间和成本。此时，法院可能会参考协议中的某些合理条款，结合实际情况，做出一种折中的判决结果，以平衡各方利益。但这并不是真正意义上的按照无效协议执行，而是法院在法律框架内，为了实现公平正义而采取的一种灵活处理方式。
- 协议部分条款有效的情况：如果合伙协议中部分条款被认定无效，但其他条款仍然有效，且这些有效条款与被认定无效的条款相互独立，不影响其他条款的效力。那么，法院可能会判决按照有效的条款来执行。例如，合伙协议中关于合伙期限、出资方式等条款有效，而关于利润分配方式的条款无效，法院可能会判决合伙人按照有效的出资方式和合伙期限继续履行合伙义务，而对于利润分配则根据法律规定或者双方协商重新确定。
应对建议
如果你遇到了合伙人的协议被判决无效后，法院判决看似“按协议执行”的情况，你可以从以下几个方面进行应对：
- 仔细研究判决依据：认真阅读法院的判决书，了解法院判决的具体依据和理由。如果认为法院的判决存在错误，可以在法定期限内提起上诉或者申请再审。
- 收集相关证据：收集与合伙协议签订、履行相关的证据，如聊天记录、邮件、转账记录等，以证明自己的主张。例如，如果你认为法院判决按照无效协议执行是错误的，你可以收集证据证明协议无效的原因以及按照无效协议执行会给自己造成不公平的后果。
- 咨询专业律师：如果你对法院的判决存在疑问或者不知道如何应对，可以向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和建议，帮助你维护自己的合法权益。
总之，合伙人的协议被判决无效后，法院判决按照协议执行的情况需要具体分析。如果你遇到了类似问题，不要慌张，及时采取相应的措施来维护自己的权益。