结论：在伤者住院费用为两千元，而交强险赔偿限额为一万八千元的情况下，剩余的赔偿金额如何处理，主要取决于事故责任划分以及是否存在其他应赔偿的项目。以下分情况详细说明：

1. 若事故责任全在对方：

   • 交强险赔偿：交强险在有责任的情况下，医疗费用赔偿限额通常为一万八千元（具体可能因地区和保险条款有所不同，但此处以一万八千元为例）。由于伤者实际医疗费用为两千元，未超过此限额，因此交强险将全额赔偿这两千元。
   • 剩余金额处理：在此情况下，交强险的赔偿限额并未用尽，剩余的一万六千元将保留在交强险的赔偿额度内，用于赔偿其他可能的损失（如后续治疗费、误工费、护理费等，如果这些费用在事故中确实发生且符合赔偿条件）。若后续无其他损失，则这部分金额不会直接支付给伤者或对方，而是作为交强险的未使用额度。

2. 若事故责任部分在对方，部分在伤者：

   • 交强险赔偿：交强险仍会首先在其赔偿限额内（医疗费用一万八千元）对伤者的医疗费用进行赔偿。由于实际医疗费用为两千元，交强险将全额赔偿。
   • 剩余金额与责任划分：剩余的一万六千元交强险赔偿额度，同样将保留用于赔偿其他可能的损失。但在此情况下，如果事故责任部分在伤者，那么对于超出交强险赔偿范围的其他损失（如果有的话），将需要根据事故责任比例由双方分担。例如，如果伤者承担30%的责任，那么对于超出交强险赔偿范围的其他损失，伤者需要自行承担30%。

3. 若存在其他应赔偿项目：

   • 交强险赔偿范围：交强险不仅赔偿医疗费用，还赔偿死亡伤残赔偿、财产损失等。如果伤者除了医疗费用外，还有其他符合交强险赔偿条件的损失（如误工费、护理费、残疾赔偿金等），那么这些损失也将在交强险的赔偿限额内进行赔偿。
   • 剩余金额分配：在赔偿完所有符合交强险赔偿条件的损失后，如果交强险的赔偿限额仍未用尽，剩余金额将保留在交强险内，不直接支付给任何一方。如果交强险的赔偿限额不足以赔偿所有损失，那么超出部分将需要根据事故责任比例由双方分担。

法律建议：

• 在处理交通事故赔偿时，建议首先明确事故责任划分，这是确定赔偿金额和比例的基础。
• 及时收集并保存所有与事故相关的证据（如医疗记录、费用单据、事故现场照片等），以便在赔偿过程中证明自己的损失和权益。
• 如果对赔偿金额或责任划分有争议，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式解决。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

可能法律后果：

• 如果未能妥善处理交通事故赔偿事宜，可能会导致双方之间的纠纷升级，甚至引发法律诉讼。
• 在法律诉讼中，如果未能提供充分的证据证明自己的损失和权益，可能会面临赔偿金额不足或无法获得赔偿的风险。