针对您提出的“员工早退扣款怎么处理”这一问题，我会从法律框架、公司规章制度以及实际操作三个层面为您详细解答。

首先，从法律层面来看，员工早退是否扣款，并非公司单方面可以随意决定的。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。这意味着，除非员工早退行为直接导致了公司的经济损失，并且这种损失在劳动合同中有明确约定，否则公司不能随意扣款。

其次，从公司规章制度的角度来看，公司若要对员工早退进行扣款，必须确保相关规章制度合法、合理且已公示告知员工。规章制度应当经过职工代表大会讨论，并确保员工充分了解并同意其中的内容。如果公司规章制度中明确规定了早退的扣款标准，并且这一标准符合法律法规的要求，同时员工也已知悉并同意，那么公司可以依据规章制度进行扣款。但扣款必须基于实际损失，且不能超出法定限度。

最后，从实际操作的角度来看，公司在处理员工早退问题时，应遵循合理、限度和善意的原则。对于偶尔的、轻微的早退行为，公司可以通过警告、教育等方式进行纠正，而不必直接采取扣款措施。对于频繁的、严重的早退行为，公司可以依据规章制度进行扣款，但必须确保扣款金额合理，且能够证明早退行为确实给公司造成了经济损失。同时，公司还应考虑员工的整体工作表现，避免因为一次或几次的早退行为而过度惩罚员工，影响员工的工作积极性和团队氛围。

综上所述，员工早退扣款的处理需要综合考虑法律框架、公司规章制度以及实际操作三个层面。公司在处理此类问题时，应确保规章制度合法、合理且已公示告知员工，扣款必须基于实际损失且不能超出法定限度，同时遵循合理、限度和善意的原则。如果员工对公司的扣款行为有异议，可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。