若立案后发现代理立案手续不合法，需根据具体情况采取补救措施或承担相应法律后果，具体处理方式如下：

1. 立即补正手续（若可补救）
   若手续不合法属于程序瑕疵（如授权委托书未签字、代理权限不明确等），可联系法院补充提交合法材料。例如：

   • 重新签署授权委托书并公证；
     
   • 补充提交律师事务所出具的公函或律师执业证复印件；
     
   • 若委托非律师代理，需补充提交基层法律服务工作者执业证或当事人近亲属关系证明等。
     关键点：需在法院指定的期限内完成补正，避免案件被裁定不予受理或驳回起诉。

2. 主动撤诉并重新立案（若手续严重违法）
   若代理手续存在根本性违法（如伪造当事人签名、冒用身份立案、非律师以律师名义代理等），需主动向法院申请撤诉，否则可能面临：

   • 法院裁定驳回起诉；
     
   • 代理人因伪造证据或冒充律师被处罚（如罚款、拘留）；
     
   • 当事人因恶意诉讼承担赔偿责任。
     操作建议：撤诉后重新办理合法代理手续，确保委托关系真实、权限明确。

3. 应对法院审查或对方异议
   若对方提出代理手续不合法的异议，需配合法院审查：

   • 提交证据证明代理关系的合法性（如委托合同、付款记录、沟通记录等）；
     
   • 若手续确实违法，可争取法院给予补正期限，或与对方协商和解。
     风险提示：若法院认定代理无效，可能导致当事人丧失诉讼权利，需谨慎处理。

4. 追究代理人责任（若存在过错）
   若因代理人过错导致手续不合法（如律师未尽审核义务），可：

   • 向律师事务所投诉，要求更换代理人或赔偿损失；
     
   • 向当地律师协会或司法局举报代理人的违规行为；
     
   • 若因代理违法导致实际损失，可起诉代理人承担赔偿责任。
     

总结建议：发现代理立案手续不合法后，应第一时间评估手续瑕疵的严重性，优先尝试补正；若无法补正，需果断撤诉并重新立案，避免扩大风险。同时，保留证据追究代理人责任，维护自身合法权益。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会为你提供针对性分析。