结论：公司最好在工资单上明确注明工资已结清，这样做既符合法律规定，也能有效避免潜在的劳动纠纷。以下从法律要求、实际作用、注意事项三个角度详细说明：
法律要求角度
根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者姓名及签字，并保存两年以上备查。虽然法律未强制要求工资单必须写“工资结清”，但若公司能主动在工资单上添加此类表述，相当于通过书面形式固定了工资支付完成的证据，更符合法律对工资支付凭证完整性的要求。
实际作用角度
- 避免纠纷：若员工后续主张公司拖欠工资、奖金或补贴，工资单上“工资结清”的表述可作为直接证据，证明双方已就工资支付达成一致，降低公司举证难度。
- 明确责任：若工资单未注明结清，员工可能以“未收到全部工资”为由要求补发，公司需额外提供考勤记录、绩效考核表等材料证明工资构成，增加维权成本。
- 员工权益保障：对员工而言，明确的“结清”表述也能避免公司以“未结清”为由后续扣款，保障自身权益。
- 注意事项角度
- 表述准确性：需确保“工资结清”涵盖所有应发项目（如基本工资、加班费、奖金、补贴等），避免遗漏导致纠纷。例如，若公司存在未支付的年终奖，仅写“工资结清”可能被认定为无效。
- 员工签字确认：工资单需由员工签字或按手印确认，否则可能因“未送达员工”被认定为无效证据。
- 保存期限：根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效为1年，但公司仍建议保存工资单至少2年，以应对可能的诉讼或行政调查。
建议：公司可在工资单中增加“截至XX年XX月XX日，员工XX的工资、奖金、补贴等所有应发项目已全部结清，双方无争议”的表述，并由员工签字确认。若您对工资单的具体设计或劳动纠纷处理有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细解答。