关于免赔附加条款与特别约定的适用方式，需结合合同具体条款设计及法律原则综合判断，通常存在“一并适用”与“单一适用”两种情形，具体分析如下：

1. 一并适用的情形

若合同中明确约定免赔条款、附加条款与特别约定之间为“互补关系”（例如通过“除本合同另有约定外”“上述条款互不冲突”等表述），则三者通常需一并适用。此时需注意：

• 条款效力层级：根据《民法典》第465条，合同条款的效力以签订时间为准（后约定优先于先约定），但特别约定若以加粗、单独成段等方式明确提示，可能被认定为“特别条款”而优先适用。
• 逻辑自洽性：若三者同时适用导致权利义务失衡（如免赔率叠加计算超过合理范围），法院可能依据《民法典》第151条（显失公平）或第533条（情势变更）调整条款效力。

示例：
某保险合同约定“每次事故免赔额1万元（免赔条款），但地震导致的损失免赔额为5万元（附加条款），若投保人同时购买了“洪水额外保障包”（特别约定免赔额2万元），则地震引发的洪水损失可能需同时适用附加条款（5万元）与特别约定（2万元），但法院可能因免赔额过高而调整。

2. 单一适用的情形

若合同中存在以下设计，则可能仅适用其中一类条款：

• 排他性表述：如特别约定中写明“本约定与主合同条款冲突的，以本约定为准”，此时特别约定将排除免赔条款或附加条款的适用。
• 条款性质差异：免赔条款通常属于风险分配条款，附加条款多为补充性规则，而特别约定可能是对特定事项的个性化安排（如“本合同仅适用于A地区业务”）。若特别约定直接否定了免赔条款的适用范围（如“本合同项下所有损失均不设免赔”），则免赔条款不再生效。

示例：
某买卖合同中约定“买方逾期付款的，每日按未付金额的0.1%支付违约金（免赔条款）”，但特别约定中明确“若因卖方原因导致交货延迟，买方逾期付款的违约金免除”。此时若交货延迟系卖方责任，则仅适用特别约定，免赔条款不再生效。

3. 实务建议

• 合同审查要点：
  
  • 关注条款间的衔接词（如“且”“或”“除……外”）；
    
  • 确认特别约定是否以显著方式提示（如加粗、单独签字页）；
    
  • 避免使用“等”“其他”等模糊表述，防止条款解释争议。
• 争议解决路径：
  
  • 若条款适用存在争议，可依据《民法典》第142条（意思表示解释规则）主张对己方有利的解释；
    
  • 若条款设计存在重大瑕疵（如免赔率过高导致合同目的无法实现），可主张撤销或变更合同。

总结：免赔条款、附加条款与特别约定的适用方式需以合同具体表述为准，若条款间无冲突则一并适用，若存在排他性约定则单一适用。建议签订合同时明确条款效力层级，并在争议发生时结合合同目的、交易习惯及法律规定综合主张权利。如有具体合同文本需要分析，可直接向我咨询。