结论：赌资46000元、获利2000元，涉及3个赌客的情况下，是否可以不起诉不能一概而论，需结合具体情节和法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 赌博罪的构成要件与立案标准

根据《中华人民共和国刑法》第三百零三条，以营利为目的，聚众赌博或者以赌博为业的，构成赌博罪。司法实践中，赌博罪的立案标准通常包括：

• 组织3人以上赌博，抽头渔利数额累计达到5000元以上；
• 赌资数额累计达到5万元以上；
• 参赌人数累计达到20人以上；
• 其他符合赌博罪构成要件的情形。

本案分析：

• 赌资46000元，接近但未达到5万元的立案标准；
• 获利2000元，远低于5000元的抽头渔利标准；
• 涉及3个赌客，人数较少。

初步结论：若仅从数额和人数看，本案可能不构成赌博罪的立案标准，但需结合其他情节综合判断。

2. 行政处罚的可能性

即使不构成刑事犯罪，赌博行为仍可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》第七十条，面临行政处罚：

• 处罚措施：处5日以下拘留或者500元以下罚款；情节严重的，处10日以上15日以下拘留，并处500元以上3000元以下罚款。
• 情节严重情形：包括多次赌博、在公共场所赌博、引诱未成年人赌博等。

本案分析：

• 若赌博行为未达到刑事立案标准，但存在其他恶劣情节（如多次组织、在公共场所赌博等），仍可能被行政处罚；
• 若情节轻微，可能仅被批评教育或不予处罚。

3. 不起诉的例外情形

即使符合赌博罪构成要件，仍可能因以下情形不起诉：

• 情节显著轻微、危害不大：如偶尔参与、赌资较小、未造成社会危害等；
• 认罪认罚、积极退赃：若嫌疑人自愿认罪认罚，并退还非法所得，可能争取不起诉；
• 初犯、偶犯：无前科劣迹的首次违法者，可能被从宽处理。

本案分析：

• 若嫌疑人系初犯、偶犯，且赌资、获利数额较低，可能被认定为“情节显著轻微”；
• 若积极配合调查、退还获利，可能增加不起诉概率。

4. 实务建议

1. 立即停止违法行为：避免继续组织或参与赌博，防止情节恶化；
2. 收集证据：如赌博场所、参赌人员、资金往来等证据，证明行为性质；
3. 咨询律师：由律师分析具体情节，评估刑事风险，制定辩护策略；
4. 争取从宽处理：若已被立案，可主动认罪认罚、退赃，争取不起诉或缓刑。

总结：赌资46000元、获利2000元、涉及3个赌客的案件，是否起诉需结合具体情节判断。若情节轻微，可能不构成刑事犯罪或争取不起诉；若存在恶劣情节，仍可能被追究刑事责任或行政处罚。建议立即停止违法行为，并咨询专业律师评估风险。