结论：组织赌博获利5000多元，即使退赔后，仍然可能面临刑事起诉，但退赔行为可能对量刑产生一定影响。
分析说明：
刑事起诉的可能性：
- 组织赌博行为本身构成犯罪，根据《中华人民共和国刑法》第三百零三条的规定，以营利为目的，聚众赌博或者以赌博为业的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。因此，组织赌博获利5000多元，已经达到了刑事立案的标准，即使退赔了违法所得，仍然可能面临刑事起诉。
退赔对量刑的影响：
- 退赔违法所得是犯罪嫌疑人或被告人的一种悔罪表现，根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释的精神，犯罪嫌疑人或被告人在案发后能够积极退赔违法所得，可以视为其有一定的悔罪态度，这在一定程度上可能对其量刑产生积极影响，如减轻处罚或适用缓刑等。但具体影响还需根据案件的具体情况，如犯罪情节、社会危害程度、被告人的认罪态度等因素综合判断。
其他可能影响量刑的因素：
- 除了退赔行为外，犯罪嫌疑人的认罪态度、是否自首、是否有立功表现、是否初犯或偶犯等因素也可能对量刑产生影响。例如，如果犯罪嫌疑人能够主动投案自首，如实供述自己的罪行，根据《中华人民共和国刑法》第六十七条的规定，可以从轻或者减轻处罚。
行动建议：
- 积极配合调查：如果涉嫌组织赌博，应积极配合公安机关的调查工作，如实供述自己的罪行，争取从宽处理。
- 主动退赔违法所得：尽快退赔违法所得，以显示自己的悔罪态度，这可能对量刑产生积极影响。
- 寻求专业法律帮助：由于刑事案件涉及复杂的法律程序和法律规定，建议尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果，以便更好地应对案件。
后续法律后果说明：
- 如果最终被法院判定有罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制等，并可能并处罚金。同时，犯罪记录将记入个人档案，对未来的生活和工作可能产生一定影响。因此，务必认真对待此类案件，积极寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。
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