结论：单位修车时司机个人付款但开具单位发票的行为，在多数情况下是不合法的，可能涉及虚开发票等违法行为，并会带来税务和法律风险。

以下是对此问题的详细分析：

1. 发票开具的合规性：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当与实际经营业务情况相符。这意味着，发票上的购买方、销售方、商品或服务名称、金额等信息必须真实反映交易的实际内容。
   • 在单位修车的情况下，如果司机个人付款但开具单位发票，就造成了发票上的购买方与实际付款方不一致，这违反了发票开具的合规性要求。

2. 虚开发票的法律风险：

   • 虚开发票是指为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。这种行为是违法的，并可能受到税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
   • 在司机个人付款但开具单位发票的情况下，如果这种行为被认定为虚开发票，单位和个人都可能面临法律责任。

3. 税务合规性考虑：

   • 从税务合规性的角度来看，单位修车费用应当作为单位的费用进行核算，并由单位承担相应的税款。如果司机个人付款但开具单位发票，就可能导致单位无法准确核算修车费用，进而影响税务申报和缴纳。
   • 此外，如果司机个人将修车费用作为个人支出进行报销或抵扣，也可能涉及偷逃税款等违法行为。

4. 实际操作建议：

   • 为了避免上述法律风险，单位在修车时应当确保发票的开具与实际交易相符。如果司机个人先行付款，单位应当及时与司机结算，并将修车费用作为单位费用进行核算。
   • 同时，单位应当加强对发票的管理和审核，确保发票的真实性和合规性。如果发现任何虚开发票或不合规发票的情况，应当立即进行处理并报告税务机关。

总结来说，单位修车时司机个人付款但开具单位发票的行为是不合法的，可能涉及虚开发票等违法行为，并会带来税务和法律风险。因此，建议单位在修车时确保发票的开具与实际交易相符，并加强对发票的管理和审核。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。