乙方在甲方代付农民工工资后，仍可依据合同约定和法律规定，通过合法途径向甲方主张进度款支付，具体操作需分情况处理：

1. 合同有明确约定时：按合同条款主张

• 核心依据：若双方签订的工程合同中明确约定了进度款支付条件（如完成特定工程量、通过验收等）、支付时间节点及支付方式，且未因甲方代付工资行为改变原条款效力，乙方可直接依据合同要求甲方支付进度款。
• 操作要点：
  • 整理合同中关于进度款支付的条款（如“每月25日提交工程量报告，甲方应在5个工作日内审核并支付已完成工程量的80%”）；
  • 收集已满足支付条件的证据（如工程量确认单、验收报告、代付工资的书面说明等）；
  • 向甲方发送书面催款函，明确要求支付进度款的金额、依据及支付期限，并保留送达证据（如EMS邮寄凭证、签收记录）。

2. 合同无明确约定或约定模糊时：依据法律规定主张

• 核心依据：根据《民法典》第788条（建设工程合同效力）、第803条（发包人未按约支付工程价款的责任）及《保障农民工工资支付条例》第30条（分包单位拖欠工资的，由施工总承包单位先行清偿，再追偿），甲方代付工资的行为不影响乙方主张进度款的权利，但需证明代付行为与进度款支付无直接关联。
• 操作要点：
  • 区分“代付工资”与“进度款”的性质：代付工资是甲方履行法定或合同约定的保障农民工权益义务，进度款是乙方完成工程量的对价，两者属于不同法律关系；
  • 收集证据证明已完成工程量及对应价款（如施工日志、监理签字确认的进度报告、造价咨询机构出具的审核报告等）；
  • 若甲方以“已代付工资”为由拒付进度款，乙方可主张代付部分与进度款无重叠（如代付的是某月份工资，而进度款对应的是另一阶段的工程量），或要求甲方提供代付金额与进度款抵扣的合法依据。

3. 甲方拒付进度款时的救济途径

• 协商：优先与甲方沟通，明确代付工资不构成进度款支付的抗辩理由，要求按合同或实际完成工程量支付；
• 调解：通过行业协会、建设主管部门或第三方调解机构介入，促成双方达成支付协议；
• 诉讼/仲裁：若协商、调解无果，乙方可依据合同中的争议解决条款（如仲裁协议或法院管辖约定），向法院起诉或申请仲裁，要求甲方支付进度款及逾期利息（按LPR计算）。

4. 风险提示与预防措施

• 风险点：若合同未明确代付工资与进度款的关系，或乙方无法证明已完成工程量，可能面临败诉风险；
• 预防建议：
  • 在合同中增加“代付工资不影响进度款支付”的条款；
  • 定期与甲方核对工程量及价款，形成书面确认文件；
  • 保留代付工资的原始凭证（如农民工签字确认的工资表、银行转账记录），避免甲方重复主张抵扣。

总结：乙方需结合合同约定和实际履行情况，通过证据固定、书面催告、协商调解或法律途径主张进度款，同时注意区分代付工资与进度款的法律性质，避免因程序瑕疵影响权利实现。如有具体合同条款或证据材料，可进一步向我咨询细节。