针对农业种植专业合作社变更法人且名称不变，但原法人章丢失的情况，核心结论是：需先完成原法人章的挂失与补办（或声明作废），再依法办理法人变更登记手续。以下是具体分析与操作建议：

1. 原法人章丢失的紧急处理

• 挂失与声明：
  原法人章丢失后，应立即向当地公安机关备案（部分地区需通过合作社登记机关或刻章单位办理挂失），并在市级以上公开发行的报纸上刊登遗失声明（内容需包含合作社名称、原法人姓名、印章名称及编号等），声明原法人章作废。此步骤旨在防止他人冒用印章引发法律风险。
• 补办或重新刻制：
  根据《印章治安管理办法》，合作社可凭挂失证明、营业执照副本、法定代表人身份证明等材料，向公安机关申请重新刻制法人章。若变更法人后需使用新法人章，可直接刻制新章并注明“法定代表人变更”字样，无需强制补办原章。

2. 法人变更登记的法定程序

• 材料准备：
  根据《农民专业合作社登记管理条例》第20条，变更法人需提交以下材料：
  
  • 变更登记申请书（由新任法定代表人签署）；
    
  • 成员大会或成员代表大会作出的变更决议；
    
  • 新任法定代表人的身份证明及任职文件；
    
  • 原法人章丢失的挂失证明或遗失声明（如涉及原章使用环节）；
    
  • 营业执照正、副本。
    
• 登记机关审核：
  登记机关将核查材料真实性，重点审查变更决议的合法性（如是否经成员大会代表2/3以上表决权通过）。若材料齐全，通常在5个工作日内办结变更登记。

3. 实务中的风险防范建议

• 内部决议合规性：
  确保法人变更决议符合合作社章程规定（如表决权比例、通知程序等），避免因程序瑕疵导致变更无效。
  
• 新旧印章衔接：
  若原法人章曾用于合同、银行账户等，需及时通知相关方（如合作伙伴、开户银行）印章变更事宜，并留存书面通知记录。
  
• 税务与银行账户变更：
  完成工商变更后，需同步办理税务登记信息变更及银行预留印鉴更换，防止因信息不一致影响合作社正常经营。

4. 特殊情形处理

• 若原法人拒不配合：
  若原法人因离职或其他原因拒不交出合作社资料或配合变更，可通过成员大会决议免除其职务，并凭决议向登记机关申请强制变更。必要时可向法院提起诉讼确认决议效力。
  
• 若合作社章程未明确变更程序：
  根据《农民专业合作社法》第30条，章程未规定的，由成员大会半数以上成员表决通过即可变更法人。

总结：原法人章丢失不阻碍法人变更程序，但需通过挂失、声明等措施消除风险。建议按“挂失声明→重新刻章（如需）→准备变更材料→提交登记机关”的流程操作，并确保内部决议与外部登记程序均合法合规。如有具体材料准备或程序疑问，可进一步向我咨询。