在处理证据不足、事实不清的案件时，公安机关会依据案件所处的具体阶段以及相关法律法规，采取一系列严谨且合法的措施。以下是对此类案件公安机关处理方式的详细阐述：
一、侦查阶段
全面调查取证：
- 公安机关会继续深入调查，通过多种方式如询问当事人、证人，调取监控录像、物证等，尽可能全面地收集与案件相关的证据。
- 若初次调查后证据仍显不足，公安机关会依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，进行补充侦查，以获取更多关键信息。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。
审查判断证据：
- 对收集到的证据进行合法性审查，确保证据来源合法、形式有效，排除非法证据。
- 分析证据与案件的关联程度，确定其能否作为定案的依据。
- 核实证据的真实性，防止虚假或误导性的证据影响案件判断。
作出处理决定：
- 不予立案或撤销立案：若经过调查，公安机关发现证据不足、事实不清，无法证明嫌疑人犯罪，将不予立案或撤销立案，并释放被拘留的嫌疑人。
- 取保候审：对于证据严重不足的案件，若检察院不批准逮捕，嫌疑人可取保候审。若后续调查无有效证据，一年期限届满后解除取保候审，嫌疑人不被审判和判刑。
- 变更强制措施：对于社会危险性较低的案件，公安机关可考虑变更强制措施，如将逮捕变更为取保候审或监视居住。
二、保障当事人合法权益
告知权利：
- 在处理过程中，公安机关会及时告知当事人享有的陈述权、申辩权等合法权益。
听取意见：
- 公安机关会认真听取当事人的意见和辩解，确保案件处理的公正性和透明度。
法律救济途径：
- 若当事人对处理结果不满，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，寻求法律救济。
三、特殊情况处理
若案件进入审查起诉阶段：
- 人民检察院认为证据不足、事实不清时，可将案件退回公安机关补充侦查，也可自行侦查。
- 经过二次补充侦查仍认为证据不足，不符合起诉条件的，检察机关应作出不起诉决定。
若案件进入审判阶段：
- 合议庭若发现证据不足、事实不清，可建议检察机关补充侦查或自行调查核实证据。
- 若证据不足，不能认定被告人有罪，法院应作出无罪判决，体现“疑罪从无”原则。
四、遵循的原则
- 证据排除规则：非法方法收集的证据应予排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。
- 遵循司法程序和证据规则：处理此类案件时，公安机关会严格遵循司法程序和证据规则，确保处理结果的合法性和公正性。
综上所述，公安机关在处理证据不足、事实不清的案件时，会依据相关法律法规和程序规定，采取全面调查取证、审查判断证据、作出处理决定等措施，并保障当事人的合法权益，确保司法公正。