合同约定的整体打折包含了规费打折，其合法性需视具体情况而定，但一般而言，只要该约定真实、合法、有效，且不违反法律法规的强制性规定，便是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
1. 折扣约定的合法性基础
根据相关法律规定，经营者销售商品或提供服务时，可以以明示方式给予对方折扣。这种折扣，包括商业折扣，是企业为促进商品销售而在商品标价上给予的价格扣除。只要折扣的约定是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，且在合同中明确体现，便不违反法律规定。因此，如果合同中明确约定了整体打折包含规费打折，且该约定符合上述条件，那么这种约定是合法的。
2. 规费打折的特殊性
规费通常是指政府或相关部门根据法律法规收取的费用，如税费、行政事业性收费等。这些费用的收取标准和方式通常由法律法规明确规定，具有一定的强制性和固定性。因此，在合同中约定规费打折时，需要特别注意是否违反了相关法律法规的强制性规定。如果规费打折违反了法律法规的强制性规定，如降低了法定税率或免除了应缴纳的规费，那么这种约定可能是无效的。
3. 合同条款的明确性和避免歧义
无论折扣约定是否包含规费打折，合同条款都应当清晰明确，避免产生歧义。如果合同条款表述模糊或存在多种解释，可能导致双方在执行过程中产生争议。因此，在拟定合同条款时，应当尽可能明确折扣的具体范围、计算方式和执行标准，以确保双方对合同条款的理解一致。
4. 诚实信用原则的遵循
在商业活动中，交易双方应当遵循诚实信用原则履行合同义务。这意味着双方在执行折扣约定时，应当按照合同约定的方式和标准进行，不得擅自变更或违反约定。如果一方违反诚实信用原则，可能导致对方遭受损失，并承担相应的法律责任。
法律建议
如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。