土地租赁合同被认定为合作经营关系后，合同是否有效需分情况讨论，具体如下：
合同性质认定不影响合同效力的情况
- 如果土地租赁合同本身符合《民法典》中关于合同效力的规定，即双方意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗，那么即使该合同被认定为具有合作经营关系的性质，也不影响其作为合同本身的效力。在这种情况下，合同仍然是有效的，双方应继续履行合同义务，并享受合同权利。
合同性质认定可能影响合同效力的情况
- 违反法律强制性规定：如果合作经营关系涉及的法律领域有特定的强制性规定，而土地租赁合同中的某些条款违反了这些规定，那么这些条款可能是无效的。例如，如果合作经营涉及土地用途的变更，而未经相关部门批准，那么这种变更可能是违法的，相关条款也就无效。但需要注意的是，部分条款的无效并不必然导致整个合同的无效，除非这些条款是合同的核心条款或合同目的无法实现。
- 合同目的无法实现：如果土地租赁合同被认定为合作经营关系后，由于合作经营的性质与双方最初签订合同时的目的不符，导致合同目的无法实现，那么双方可以协商解除合同或寻求法律救济。在这种情况下，合同的效力可能会受到质疑，但具体是否无效还需根据合同的具体内容和实际情况来判断。
合同性质认定后的法律后果
- 合同继续履行：如果合同被认定为有效，且双方均愿意继续履行合同，那么双方应继续按照合同约定履行各自的义务。
- 合同变更或解除：如果合同性质认定后，双方认为合同需要变更或解除，那么应协商一致并签订书面协议。如果协商不成，任何一方均有权向法院提起诉讼或申请仲裁，请求法院或仲裁机构对合同进行变更或解除。
- 赔偿损失：如果因合同性质认定导致一方遭受损失，且该损失是由另一方造成的，那么受损方有权要求赔偿。赔偿的范围和金额应根据实际情况和法律规定来确定。
建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查土地租赁合同的条款，特别是与合作经营关系相关的部分，以确定合同是否违反了任何法律或行政法规的强制性规定。
- 咨询专业意见：如果对合同性质认定或合同效力有疑问，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据合同的具体内容和实际情况，提供有针对性的法律建议。
- 协商解决：如果双方对合同性质认定或合同效力有争议，应首先尝试通过协商解决。协商不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方的关系。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。