结论：合同款项没有完全到账时能否结算，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定的情况：
- 如果合同中明确规定了款项支付与结算的具体条款，比如约定了“在收到全部款项后进行结算”或者“按进度支付款项并相应结算”等，那么双方应当严格按照合同约定执行。
- 若合同约定需全部款项到账后结算：在此情况下，如果款项没有完全到账，另一方有权拒绝进行结算，直至款项全部支付完毕。这是基于合同约定的合法权利，也是保障合同双方权益的重要措施。
- 若合同约定按进度支付并结算：那么即使款项没有完全到账，只要达到了合同约定的支付进度，双方也可以按照约定进行相应的结算。这种情况下，结算并不依赖于全部款项的到账，而是依赖于合同约定的支付进度。
合同没有明确约定的情况：
- 如果合同中没有明确规定款项支付与结算的具体条款，那么双方应当根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，以及交易习惯、行业惯例等因素来协商确定。
- 在此情况下，如果一方已经履行了合同中的主要义务（如提供了货物或服务），而另一方仅因部分款项未支付而拒绝结算，这可能构成违约行为。受损方有权要求对方继续履行合同、支付剩余款项，并可能要求赔偿因此造成的损失。
- 同时，双方也可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。在协商过程中，双方可以就款项支付与结算的具体安排达成新的协议；如果协商不成，则可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助；如果仍无法解决争议，则可以向人民法院提起诉讼。
法律建议：
- 完善合同条款：为了避免因款项支付与结算问题产生的争议，建议在签订合同时就明确约定相关条款，包括款项的支付方式、支付时间、结算条件等。
- 保留相关证据：在合同履行过程中，双方应当妥善保留与款项支付与结算相关的证据，如付款凭证、发票、结算单等。这些证据在解决争议时将起到至关重要的作用。
- 及时沟通协商：如果发现款项没有完全到账或存在其他可能影响结算的问题，双方应当及时沟通协商，寻求解决方案。通过友好协商解决争议，不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方的合作关系。
可能后果：如果因款项没有完全到账而拒绝结算，且合同中没有明确约定或法律法规没有相关规定支持这种拒绝行为，那么拒绝结算的一方可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。这包括继续履行合同、支付剩余款项、赔偿损失等。因此，在处理此类问题时，双方应当谨慎行事，遵循合同约定和法律法规的规定。
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