结论：开摩托车违法被扣分，是扣摩托车分还是小车分，主要取决于您的驾驶证类型及是否具备驾驶摩托车的合法资格。具体来说：
若您的驾驶证上同时包含小车与摩托车的准驾车型（如C1E、C1D等合并驾驶证）：
- 在这种情况下，无论您是驾驶摩托车还是小车违反交通规则，记分都会累计到同一本驾驶证上。驾驶证在一个记分周期内的满分是12分，不论是因驾驶摩托车还是小汽车导致的违法记分，都会从这12分中扣除。
- 举例：若您持有“C1E”驾驶证，骑摩托车闯红灯被记6分，之后驾驶小汽车再违法被记3分，则该记分周期内您的驾驶证总共被记9分。
若您仅持有小车驾驶证（如C1）而未增驾摩托车（D或E）：
- 在此情况下，您并不具备驾驶摩托车的资格。若驾驶摩托车被交警查到，将被视为“与准驾车型不符”，这是一种严重的交通违法行为。
- 根据相关规定，您可能面临罚款、扣分（通常会扣掉您C1驾驶证的分数，依据最新交规实施后的标准，可能会扣9分）以及摩托车被扣留的处罚。更为严重的是，如果因此发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，且您可能需承担刑事责任。
法律建议：
- 确认驾驶资格：在驾驶任何车辆之前，务必确认自己的驾驶证类型和驾驶资格，确保合法驾驶。
- 遵守交通规则：无论驾驶何种车辆，都应严格遵守交通规则，包括交通信号灯、限速规定等，以确保自己和他人的安全。
- 及时处理违章：如果发生交通违章行为，应及时处理违章记录，避免在一个记分周期内记分过多导致驾驶证被暂扣或吊销。
可能后果：
- 如果您不具备驾驶摩托车的资格而驾驶摩托车，除了面临罚款和扣分外，还可能面临拘留等更严厉的处罚。
- 如果因此发生交通事故，您可能需要承担全部或部分民事赔偿责任，甚至可能面临刑事责任。
希望以上解答能够帮助您更好地理解摩托车扣分与小车驾驶证之间的关系。如果您有任何其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。