结论前置：辞职时公司扣半个月工资的行为，通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了用人单位不得随意扣除劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在员工辞职时，公司应当一次性支付员工应得的全部工资，不得无故扣除。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，将受到相应处罚，并需支付赔偿金。这一条款进一步强调了用人单位必须按时足额支付劳动者工资的法律责任。
二、不合理扣款的情况
无合法依据的扣款：如果用人单位没有合法的规章制度或劳动合同约定作为扣款依据，仅仅因为员工辞职就扣除半个月工资，这是违法的。
违反法律规定的扣款：即使用人单位有规章制度或劳动合同约定，但如果这些规定违反了法律法规的强制性规定，如以辞职为由进行罚款或扣除工资，这样的规定也是无效的。
三、合理扣款的情况（需符合法定条件）
虽然一般情况下辞职不应被扣工资，但在某些特定情况下，用人单位可能有权扣除部分工资，但这些情况必须严格符合法律规定：
服务期未满的违约金：如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与之约定了服务期，而劳动者在服务期未满时提出辞职，可能需要按照约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。然而，这并不意味着可以直接扣除半个月工资作为违约金，而是需要根据实际培训费用和服务期未履行部分进行计算。
对用人单位造成损失的经济赔偿：如果劳动者因个人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求劳动者进行赔偿。但这种赔偿必须基于实际损失，并且要有明确的证据支持。同样，这并不意味着可以直接扣除半个月工资作为赔偿，而是需要根据实际损失情况进行计算。
代扣代缴费用：如个人所得税、社会保险费用等法定代扣代缴项目，用人单位可以从劳动者工资中扣除相应金额。但这些扣除项目并不包括因辞职而扣除的半个月工资。
四、应对建议
与用人单位沟通：首先尝试与用人单位进行沟通，了解其扣款的具体原因和依据。如果发现扣款行为缺乏法律依据或合理性，可以提出异议并要求纠正。
保留相关证据：在沟通过程中及之后，务必保留好所有相关的证据材料，如劳动合同、工资条、扣款通知等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
寻求法律援助：如果与用人单位协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉举报或申请劳动仲裁。在必要时还可以向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。作为专业律师，我可以为你提供具体的法律指导和帮助。
综上所述，辞职时公司扣半个月工资的行为通常是不合法的。如果你遇到了这种情况，建议首先与用人单位进行沟通协商，如果协商无果，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。