结论：员工因为工资起诉公司，不会留下刑事犯罪记录意义上的“案底”，但相关的诉讼记录会在法院档案系统中留存，可供特定人员依法查询。

详细解释：

1. “案底”的定义：

   • “案底”通常指的是某人过去犯罪行为的记录，即刑事犯罪前科的档案记录。这种记录一般由公安部门保存，并可能对个人的社会评价和某些权益产生不利影响。

2. 劳动争议起诉的性质：

   • 员工因为工资起诉公司，属于劳动争议范畴，是民事诉讼的一种。它涉及的是平等主体之间因财产关系（如劳动报酬）发生的纠纷，与刑事犯罪有着本质的区别。

3. 劳动争议起诉的后果：

   • 虽然劳动争议起诉不会产生犯罪记录意义上的“案底”，但相关的诉讼记录，包括仲裁裁决、法院判决等，会在法院的档案系统中留存。这些记录可供特定人员（如律师、法官等）在合法手续下查询，用于处理相关案件或进行背景调查。然而，这并不等同于个人有不良的违法犯罪记录。

4. 劳动争议的处理流程与法律义务：

   • 当劳动争议发生后，员工首先可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼。法院对劳动争议案件进行审理后，会作出民事判决或裁定。
   • 员工应当履行仲裁裁决或法院判决所确定的义务。如果拒不履行义务，公司可以申请强制执行。在强制执行过程中，法院有权采取多种强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，但这仍然与刑事“案底”无关。

5. 劳动争议档案的保存期限：

   • 关于劳动争议案件的档案保存期限，法律虽然没有明确规定具体的年限，但根据《中华人民共和国档案法》的相关规定，劳动争议档案的保存期限一般不少于30年。这有助于确保劳动争议的解决有据可查，也保护了员工的合法权益。

建议：

• 员工在因为工资问题起诉公司时，应了解这一行为不会留下刑事犯罪记录意义上的“案底”，但相关的诉讼记录会留存。因此，在起诉前应充分考虑这一因素，并准备好充分的证据来支持自己的主张。
• 同时，员工也应遵守法律程序，积极处理劳动争议，履行法律义务。如果对劳动争议的处理流程或法律义务有疑问，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。