在总价包干合同中，对于未施工部分能否扣减的问题，应首先遵循合同约定。若合同无明确约定，则需结合法律原则、实际情况及双方协商结果来确定是否扣减及扣减金额。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同约定优先

1. 明确扣减：

   • 若合同中明确规定了未施工部分的扣款方式及计算依据，例如按未施工部分在投标报价中的占比进行扣减，那么应严格依照合同执行。这种情况下，扣减的金额和方式都有明确的合同依据，双方应无争议。

2. 不扣减情况：

   • 若合同中有特别约定，如只要完成主要目的和关键工作，附属、次要项目未施工不影响整体工程交付使用，则可不扣减相应款项。这种约定体现了双方对工程质量和交付标准的共识，应予以遵守。

二、合同无约定时的处理

1. 承包商原因导致未施工：

   • 若因承包商自身原因（如施工组织不力、资金短缺等）导致部分项目未施工，业主有权要求从总价中扣除未施工部分的合理价款。这通常包括成本加上合理利润，以补偿业主因承包商违约而遭受的损失。

2. 非承包商原因导致未施工：

   • 业主原因：如业主提出设计变更或提供资料不及时导致部分项目未施工，承包商有权要求业主补偿因变更造成的损失。这种情况下，扣减费用并非简单地从总价中扣除，而是需要根据实际损失进行协商和补偿。
   • 不可抗力：因不可抗力（如自然灾害、战争等）导致部分项目无法施工，双方应公平合理地分担损失。通常不会直接从总价中扣除未施工部分费用，而是协商解决，如延长工期、调整工作内容等。

三、实际操作中的考虑

1. 友好沟通：

   • 在处理未施工部分的扣减问题时，双方应通过友好沟通，了解未施工工作的具体原因及双方意见。通过协商，寻求都能接受的解决方案，以维护良好的合作关系。

2. 专业法律分析：

   • 若遇到复杂情况或争议较大，建议及时进行专业法律分析。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见，帮助双方明确权利义务，妥善解决争议。

3. 注重证据收集：

   • 在处理此类问题时，双方都应注重证据的收集和保存。例如，承包商应保存好施工记录、变更通知等证据，以证明未施工部分的原因和责任归属；业主则应保存好合同、付款记录等证据，以维护自身权益。

总结与建议：在总价包干合同中，对于未施工部分的扣减问题，应始终遵循“合同约定优先”的原则。同时，在实际操作中也要灵活应对，结合具体情况进行法律分析，并注重与对方的沟通协调。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。