针对您提出的“门诊诊断证明上写有仅供单位参考，劳动仲裁是否有法律效果”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、门诊诊断证明的法律性质
门诊诊断证明是医生根据患者的病情和检查结果，出具的一份医学证明文件。它主要用于证明患者的病情、治疗建议以及需要休息的时间等信息。在劳动争议中，这份证明可以作为员工因病需要休息或无法工作的证据之一。
二、“仅供单位参考”的含义
当门诊诊断证明上标注有“仅供单位参考”时，这通常意味着该证明主要是为员工向单位请假或说明病情而提供的，并不直接具有法律上的强制执行力。但这并不意味着它在劳动仲裁中完全没有法律效果。实际上，它仍然可以作为员工病情和休息需求的初步证据，供仲裁机构参考。
三、劳动仲裁中的法律效果
作为证据提交：在劳动仲裁过程中，员工可以将门诊诊断证明作为证据提交给仲裁机构，以证明自己因病需要休息或无法工作的事实。
仲裁机构的审查：仲裁机构在收到这份证据后，会对其进行审查。审查的内容包括但不限于证明的真实性、合法性以及与案件的关联性。如果仲裁机构认为这份证明是真实、合法且与案件相关的，那么它就会成为认定案件事实的重要依据。
与其他证据的佐证：虽然门诊诊断证明具有一定的法律效果，但单独一份证明可能不足以完全证明员工的病情和休息需求。因此，员工还需要提供其他相关证据来佐证自己的主张，如医疗费用发票、病历记录、医生建议等。
仲裁机构的裁决：最终，仲裁机构会根据所有提交的证据和法律规定，作出裁决。如果门诊诊断证明被仲裁机构采纳，并且与其他证据相互佐证，那么它将对裁决结果产生重要影响。
四、注意事项
确保证明的真实性：员工应确保提交的门诊诊断证明是真实、合法的，避免提交虚假证明导致法律责任。
及时提交证据：员工应在劳动仲裁过程中及时提交门诊诊断证明和其他相关证据，以便仲裁机构及时审查并作出裁决。
咨询专业律师：如果员工对劳动仲裁过程或证据提交有疑问，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。
综上所述，门诊诊断证明上标注有“仅供单位参考”并不影响其在劳动仲裁中的法律效果。只要这份证明是真实、合法且与案件相关的，它就可以作为员工病情和休息需求的初步证据提交给仲裁机构进行审查。