自离是否会影响工资的发放，需根据具体情况来判断，但一般情况下，自离不应成为用人单位拒绝支付工资的理由。以下是对这一问题的详细分析：
一、基本法律原则
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定确立了劳动者获取劳动报酬的基本权利，与劳动者是否自离无直接关联。
- 《中华人民共和国劳动合同法》也强调了用人单位应足额支付劳动报酬的义务，并规定了劳动者在特定情形下可解除劳动合同的权利，但这些权利并不排除劳动者对已完成工作的报酬请求权。
劳动关系解除时的工资支付：
- 《工资支付暂行规定》第九条明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，无论劳动者是主动离职还是自离，用人单位都应在离职时结清工资。
二、特殊情形下的工资扣除
给用人单位造成经济损失：
- 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
- 注意：这种扣除通常针对自离当月的工资，而不应影响上月已完成工作的工资支付。
未提前通知的代通知金：
- 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。然而，需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异，且这种扣除也不应影响已付出劳动的工资支付。
三、劳动者的权益保障与维权途径
协商沟通：
- 劳动者在自离后，如果用人单位拒绝支付工资，首先可以尝试与用人单位进行友好协商，明确工资数额及支付时间，争取和平解决纠纷。
投诉举报：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据材料（如工作记录、工资条等）。劳动监察部门将依法进行调查处理，并责令用人单位支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如劳动监察部门的处理未能满足劳动者的诉求，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。通过仲裁程序，要求用人单位支付工资及可能的赔偿金。
提起诉讼：
- 若劳动仲裁裁决后用人单位仍不履行义务，劳动者有权向人民法院提起诉讼。通过司法途径，进一步维护自身合法权益。
四、实际操作建议
了解公司规定与劳动合同：
- 在离职前，劳动者应仔细阅读公司规定和劳动合同，了解其中关于离职、工资支付及赔偿的条款，以避免不必要的纠纷和损失。
保留证据：
- 劳动者在自离前，应尽可能保留与工作相关的证据材料（如工作记录、工资条、劳动合同等），以便在维权时提供有力支持。
及时维权：
- 如果用人单位以自离为由拒绝支付工资，劳动者应及时采取维权措施，避免超过法定时效期间而丧失维权机会。
总结：自离一般不应影响工资的发放，但劳动者也应注意遵守公司规定和劳动合同，避免给自己带来不必要的经济损失和法律风险。如果用人单位拒绝支付工资，劳动者应充分了解自己的法律权益，并采取合适的维权途径来保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。