结论概述：根据新闻背景及现行法律规定，未在规定期限内提交个税手续费退付申请的，将视为自愿放弃手续费退付，无法通过法律途径追索。以下从法律后果、操作流程、风险提示三个维度展开分析：

一、未在规定期限内申请的法律后果

1. 程序性权利丧失
   根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条及《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）规定，个税手续费退付需由扣缴义务人主动申请，税务机关不主动退付。未在截止期限（如新闻中提到的2025年3月底）前提交申请的，视为放弃权利，后续无法补办。
   法律依据：

   • 《个人所得税法》第十七条：“对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。”
     
   • 财行〔2019〕11号文第三条：“代扣、代收扣缴义务人和代征人应于每年3月30日前，向税务机关提交上一年度‘三代’税款手续费申请相关资料。”

2. 实体性权利消灭
   手续费退付属于行政给付行为，需扣缴义务人积极行使权利。逾期未申请的，税务机关不再受理，且无义务主动通知或催告。实践中，部分地区税务机关会在截止前发布提醒公告（如新闻中重庆市税务局的提醒），但公告不改变权利丧失的后果。

二、操作流程与风险防范

1. 申请流程（以自然人电子税务局扣缴端为例）
   根据新闻背景，操作步骤如下：

   • 步骤1：登录电子税务局扣缴端，选择【退付手续费核对】；
     
   • 步骤2：核对系统自动展示的扣缴税款信息，确认无误后点击【下一步】；
     
   • 步骤3：填写接收手续费的银行账户信息，提交【申请退库】；
     
   • 步骤4：系统推送至税务机关审核，审核通过后手续费退至指定账户。
     风险提示：若数据有误或需取消勾选部分数据，需前往办税服务厅办理，逾期未处理的视为放弃。

2. 常见风险点

   • 信息错误：银行账户信息填写错误可能导致退付失败，且逾期后无法修正；
     
   • 数据遗漏：系统未自动勾选全部数据时，需手动核对，否则可能遗漏部分手续费；
     
   • 操作延迟：临近截止日期时系统可能拥堵，建议提前完成申请。

三、延伸思考与建议

1. 对扣缴义务人的启示

   • 及时关注税务公告：定期登录电子税务局或关注税务机关官网，避免错过截止日期；
     
   • 建立内部流程：企业财务部门应将个税手续费退付纳入年度税务合规事项，指定专人负责；
     
   • 留存申请记录：提交申请后保存系统截图或回执，作为已行使权利的证据。

2. 对税务机关的建议

   • 优化提醒机制：除公告外，可通过短信、邮件等方式定向通知扣缴义务人；
     
   • 延长申请期限：考虑将截止日期延长至4月30日（与个税汇算清缴截止期一致），减少程序性权利丧失。

总结：个税手续费退付是扣缴义务人的合法权利，但需在规定期限内主动申请。未按时申请的，法律后果明确为权利丧失，且无救济途径。建议扣缴义务人结合新闻背景中的操作指南，提前完成申请并核对信息，避免因程序瑕疵导致损失。如有进一步疑问，可直接向我咨询婚姻家庭、民间借贷或刑事辩护领域的法律问题。