诊所未留存购进凭证，并不能直接认定其从非法渠道购进药品，但这一行为确实可能引发对其药品来源合法性的质疑，并可能面临相应的法律后果。以下从多个角度进行分析：
法律规定的角度：
- 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，医疗机构购进药品应当建立并执行进货检查验收制度，验明药品合格证明和其他标识，并确保有真实、完整的购销记录。未留存购进凭证，显然违反了这一规定，可能面临药品监督管理部门的处罚，如警告、罚款等。
- 然而，该法律并未直接规定未留存购进凭证即构成从非法渠道购进药品。非法渠道购进药品通常指的是从无药品生产、经营资格的企业或个人购进药品，或者购进国家禁止使用的药品等行为。
证据认定的角度：
- 在法律实践中，认定医疗机构从非法渠道购进药品需要充分的证据支持。未留存购进凭证可能使得药品的来源变得不明确，但并不能直接作为认定非法渠道购进的证据。
- 如果药品监督管理部门或司法机关在调查过程中发现其他证据，如药品的包装、标签、说明书与正规渠道购进的药品存在明显差异，或者医疗机构无法提供合理的解释和证明其药品来源的合法性，那么可能会进一步推断其从非法渠道购进药品。
法律后果的角度：
- 如果医疗机构确实被认定从非法渠道购进药品，那么将面临严重的法律后果。根据《中华人民共和国药品管理法》的规定，从非法渠道购进药品的，除没收违法购进的药品和违法所得外，还可能面临货值金额二倍以上十倍以下的罚款，情节严重的还可能被吊销药品经营许可证或医疗机构执业许可证。
- 此外，如果因从非法渠道购进药品导致患者受到损害，医疗机构还可能承担相应的民事赔偿责任，甚至可能因涉嫌犯罪而受到刑事处罚。
建议与措施：
- 医疗机构应严格遵守药品管理法律法规，建立完善的药品购进、验收、储存、使用等管理制度，确保药品来源的合法性和质量的安全性。
- 对于已经发生的未留存购进凭证的情况，医疗机构应积极配合药品监督管理部门的调查，提供尽可能多的证据来证明其药品来源的合法性，以减轻或避免可能的法律后果。
- 同时，医疗机构也应加强内部管理，提高员工的法律意识和合规意识，避免类似情况的再次发生。
总结来说，诊所未留存购进凭证并不能直接认定其从非法渠道购进药品，但这一行为确实可能引发对其药品来源合法性的质疑，并可能面临相应的法律后果。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保药品来源的合法性和质量的安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。