协商离职是否会影响13薪的发放，主要取决于劳动合同或公司规章制度的具体约定，以及13薪的性质认定。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同或公司规章制度有明确约定

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工享有13薪，并且详细说明了发放条件、标准等，那么这些条款就构成了双方约定的基础。在这种情况下，只要员工在离职前满足了这些条件，即使是通过协商离职，用人单位也应当按照约定发放13薪。这是基于契约精神和法律对合同约定的保护。

2. 13薪的性质认定

   • 若13薪被认定为工资的一部分：那么它构成员工薪酬的固定组成部分。无论员工是因何种原因离职，只要他们满足了发放条件（如工作满一定期限、绩效考核合格等），用人单位都有义务支付13薪。协商离职并不影响这一义务的履行。
   • 若13薪被视为奖金：其发放通常与企业的经营效益、员工个人业绩等因素挂钩。在这种情况下，用人单位拥有更大的自主决定权。即使员工通过协商离职，如果公司当年经营状况不佳或员工未达到奖励标准，公司也可能决定不发放13薪。

3. 无约定且非法定福利

   • 在没有相关约定或规定，且13薪并非法定福利（如年终奖、绩效奖金等可能由公司自主决定）的情况下，用人单位对于是否发放13薪拥有完全的自主决定权。此时，若公司决定不发放，从法律角度看并无不妥。但这一决定应当基于合理、公正的原则，避免滥用自主权损害员工权益。

法律建议：

• 审查合同与规章制度：在离职前，员工应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于13薪的条款，确保自己了解并满足发放条件。
• 与用人单位沟通：如果员工对13薪的发放有疑问或担忧，可以与用人单位进行友好沟通，寻求明确的答复和解决方案。
• 保留证据：员工应保留与13薪相关的所有证据，如劳动合同、规章制度、工资单等，以便在必要时维护自己的合法权益。
• 寻求法律援助：如果员工认为用人单位应发放13薪而未发放，且协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律程序解决争议。

总结：协商离职是否会影响13薪的发放，并没有一个固定的答案。它取决于劳动合同或公司规章制度的具体约定，以及13薪的性质认定。因此，在离职前，员工应充分了解自己的权益和义务，并与用人单位进行充分沟通，以确保自己的合法权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。