在工厂上班时收取废品的好处费二百元，这一行为是否违法，需要分情况讨论：

1. 如果废品属于工厂所有，且员工未经许可私自处理并收取好处费：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪。虽然二百元可能不构成“数额较大”的标准（具体标准因地区而异，一般需达到数千元以上），但这一行为仍然违反了工厂的规章制度和职业道德。
   • 法律后果：即使不构成犯罪，员工也可能面临工厂的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。同时，如果工厂因此遭受损失，员工还可能需要承担民事赔偿责任。

2. 如果废品是员工个人在工作过程中产生的（如个人使用的工具损坏后的废品），且工厂允许员工自行处理：

   • 法律背景：在这种情况下，废品属于员工的个人财产，员工有权自行处理并收取好处费。这一行为不违反任何法律法规。
   • 注意事项：然而，员工需要确保处理废品的方式符合环保和安全规定，避免对环境或他人造成损害。

3. 如果废品是工厂与员工共同所有，或者存在其他复杂情况：

   • 法律分析：这种情况下，需要具体分析废品的归属权以及员工处理废品的行为是否得到了工厂的授权或同意。如果员工未经授权擅自处理并收取好处费，可能构成对工厂财产权的侵犯。
   • 建议：员工在处理此类废品时，应事先与工厂沟通并获得明确授权，以避免潜在的法律风险。

额外建议：

• 遵守规章制度：无论废品归属如何，员工都应遵守工厂的规章制度和职业道德，不得擅自处理工厂财物或利用职务之便谋取私利。
• 增强法律意识：员工应增强法律意识，了解自己的权利和义务，避免因无知而触犯法律。
• 及时咨询：如果员工对废品的处理或好处费的收取存在疑问，应及时向工厂管理层或法律专业人士咨询，以确保自己的行为合法合规。

总结：在工厂上班时收取废品的好处费二百元是否违法，取决于废品的归属权以及员工处理废品的行为是否得到了工厂的授权或同意。员工应遵守工厂的规章制度和职业道德，增强法律意识，并在有疑问时及时咨询。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。