结论：补缴三年以上社保是否可以不通过劳动仲裁，需分情况讨论，具体如下：

1. 若用人单位主动配合补缴
   若用人单位愿意主动为员工补缴社保，且双方对补缴基数、年限等无争议，则无需通过劳动仲裁。此时可直接向当地社保经办机构（如社保局）申请补缴，需提交劳动合同、工资流水等证明劳动关系的材料。社保部门审核通过后，会要求用人单位补缴社保费用及滞纳金。

2. 若用人单位拒绝补缴或存在争议
   若用人单位拒绝补缴，或双方对补缴年限、基数等存在争议，则需通过劳动仲裁或法律途径解决。根据《社会保险法》及《劳动争议调解仲裁法》，社保补缴争议属于劳动争议范畴，员工可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位补缴社保。仲裁裁决后，若用人单位仍不履行，员工可向法院申请强制执行。

3. 特殊情况：超过两年追溯期的补缴
   部分地区对社保补缴设有追溯期限制（如两年），但若员工能提供充分证据证明劳动关系存续期间用人单位未依法缴纳社保，即使超过两年，仍可能通过劳动仲裁或诉讼要求补缴。不过，具体操作需结合当地政策，建议提前咨询社保部门或律师。

温馨提示：社保补缴涉及法律程序及证据收集，建议先与用人单位协商，协商不成时及时申请劳动仲裁或咨询专业律师，避免因时效问题影响权益。若有进一步疑问，可直接向我提问。