结论：在分公司作为合同签订主体的情况下，申请仲裁时能否同时将总公司一并申请仲裁，这主要取决于分公司的法律地位以及合同的具体约定。一般来说，如果分公司具有独立的民事主体资格或合同中有明确约定，那么可以同时将总公司列为仲裁被申请人；否则，可能只能以分公司为被申请人。
分析说明：
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，其法律地位取决于总公司的授权和法律规定。在某些情况下，分公司可能具有相对独立的民事主体资格，能够独立承担民事责任。如果分公司具有这样的地位，并且合同是以分公司的名义签订的，那么理论上，分公司和总公司都可以成为仲裁的被申请人，尤其是当合同内容或纠纷涉及总公司时。
- 然而，如果分公司不具有独立的民事主体资格，或者其民事行为能力受到总公司的严格限制，那么仲裁的被申请人可能仅限于分公司。但在实际操作中，为了保障仲裁裁决的执行和纠纷的彻底解决，有时也会考虑将总公司列为共同被申请人，尤其是当分公司财产不足以清偿债务时。
合同的具体约定：
- 合同是双方意思表示一致的产物，如果合同中明确约定了仲裁条款，并且该条款中明确规定了可以同时将总公司和分公司列为仲裁被申请人，那么按照合同的约定执行即可。
- 如果合同中没有明确约定，那么就需要根据分公司的法律地位和实际情况来判断是否可以同时将总公司列为仲裁被申请人。
仲裁实践中的做法：
- 在仲裁实践中，为了保障仲裁的效率和公正性，以及裁决的执行效果，仲裁机构通常会根据具体情况来决定是否接受将总公司和分公司同时列为仲裁被申请人的申请。如果分公司具有独立的民事主体资格，或者合同内容或纠纷明显涉及总公司，那么仲裁机构很可能会接受这样的申请。
法律建议：
- 在签订合同时，如果希望在未来可能发生的仲裁中能够同时将总公司和分公司列为被申请人，建议在合同中明确约定仲裁条款，并明确规定可以同时将两者列为仲裁被申请人。
- 如果分公司作为合同签订主体，并且希望在未来可能发生的仲裁中避免总公司被牵涉进来，那么需要在合同中明确约定仲裁条款，并限制仲裁的范围仅限于分公司。
- 在实际仲裁过程中，如果对于是否可以同时将总公司和分公司列为仲裁被申请人存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的仲裁策略。
特殊场景：
- 如果分公司已经注销或撤销，那么其民事主体资格将消灭，此时只能以总公司为仲裁被申请人。
- 如果分公司虽然存在，但其财产不足以清偿债务，并且总公司对其债务承担连带责任（如根据法律规定或合同约定），那么在仲裁过程中，可以考虑将总公司列为共同被申请人，以便在裁决执行时能够保障债权人的利益。
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