核心结论：针对您描述的情况，买方需根据不同情形采取相应措施，主要分为与卖方协商、通过法律途径主张权利以及应对执行程序这几个方向来处理。以下是详细分析：

核心前提

单位集资建房约定不能转让，但业主私下将房屋转让给买方且未办理过户手续，之后买方所购房屋被法院扣押。

具体处理方式

1. 与卖方协商
   • 尝试沟通解决：买方首先应积极与卖方取得联系，了解房屋被法院扣押的具体原因。有可能是卖方存在其他债务纠纷，导致房屋被债权人申请强制执行。买方可以要求卖方出面与债权人协商，看能否解除对房屋的扣押措施，比如卖方偿还债务或者与债权人达成和解协议等。
   • 要求履行过户义务：尽管房屋存在被扣押的情况，但买方仍有权要求卖方按照之前的约定履行过户义务。如果卖方能够解决房屋被扣押的问题，使房屋恢复可过户状态，那么双方可以继续完成过户手续，从而保障买方的合法权益。
2. 通过法律途径主张权利
   • 确认合同效力：虽然单位集资建房约定不能转让，但这并不必然导致业主与买方之间的房屋转让合同无效。根据相关法律规定，如果该转让合同是双方真实意思表示，且不存在其他法定无效情形，如欺诈、胁迫等，那么合同可能是有效的。买方可以向法院提起诉讼，请求确认房屋转让合同的效力，为后续主张权利奠定基础。
   • 主张违约责任：如果合同被认定为有效，由于卖方未能按照合同约定履行过户义务，导致买方面临房屋被扣押的风险，卖方的行为构成违约。买方可以要求卖方承担违约责任，包括赔偿买方因此遭受的损失，如已支付的购房款及利息、为购买房屋支出的其他费用等。
   • 申请执行异议：在房屋被法院扣押后，买方作为案外人，如果认为自己对房屋享有足以排除强制执行的民事权益，可以向执行法院提出执行异议。买方需要提供相关证据，如房屋转让合同、付款凭证、实际占有使用房屋的证明等，以证明自己对房屋的合法权益。如果法院审查后认为买方的异议成立，将裁定中止对该房屋的执行；如果异议不成立，则裁定驳回，买方可以在规定期限内提起执行异议之诉。
3. 应对执行程序
   • 配合法院调查：在法院执行过程中，买方应积极配合法院的调查工作，如实提供与房屋相关的信息和证据。这有助于法院全面了解案件情况，作出公正的裁决。
   • 关注执行进展：买方要密切关注房屋的执行进展情况，及时了解法院的执行措施和相关信息。如果发现执行过程中存在违法违规行为，如超标的查封、错误执行等，买方可以依法向法院提出异议或申请国家赔偿。