当您遇到经营单位和发票开具单位不一致的情况，并考虑通过诉讼来维护自身权益时，这确实是一个涉及税务合规和商业诚信的重要问题。以下是一套详尽且条理清晰的诉讼指南，帮助您更好地理解和处理这一问题：

一、明确问题性质与潜在法律风险

经营单位与发票开具单位不一致，可能涉及虚开发票、偷税漏税等税务违规行为，这些行为不仅违反了税收法律法规，还可能对您的财务和税务状况造成潜在风险。同时，这也可能构成商业欺诈或不正当竞争，损害您的合法权益和市场秩序。

二、收集并整理关键证据

在准备诉讼之前，您需要收集并整理一系列关键证据来支持您的主张：

1. 交易凭证：包括合同、收据、付款记录（如银行转账记录、微信或支付宝支付截图）等，这些证据能够证明交易的真实性和资金流向。
2. 发票原件及复印件：发票是核心证据，您需要详细核对开票单位与经营单位是否一致，并保留好发票的原件和复印件。
3. 其他辅助证据：如与交易相关的聊天记录、录音、邮件往来等，这些证据可以进一步佐证事实，增强您的诉讼主张。

三、确定诉讼对象与管辖法院

1. 诉讼对象：根据交易情况和证据，确定将哪个单位或个人作为被告。这可能是经营单位、发票开具单位，或者两者都作为被告。
2. 管辖法院：根据民事诉讼法的规定，选择有管辖权的法院进行诉讼。通常，这可以是被告住所地或合同履行地的法院。

四、撰写并提交起诉状

1. 起诉状内容：起诉状应详细阐述您的诉讼请求、事实和理由。包括交易的具体情况、经营单位与发票开具单位不一致的事实、您因此遭受的损失等。
2. 提交起诉状：将起诉状及相关证据材料提交给选定的法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。

五、参与诉讼过程并积极配合调查

1. 出庭应诉：按照法院的通知出庭应诉，陈述事实、提供证据，并回答法官和对方当事人的提问。
2. 配合调查：在诉讼过程中，积极配合法院和对方的调查工作，提供必要的协助和信息。

六、等待判决并执行

1. 等待判决：法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决。您需要耐心等待判决结果，并尊重法院的裁决。
2. 执行判决：如果判决对您有利，但对方未履行判决义务，您可以向法院申请强制执行，以维护您的合法权益。

七、注意事项

1. 咨询专业律师：在诉讼过程中，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的诉讼主张得到充分支持，并避免因法律程序不熟悉而导致的失误。
2. 保持冷静和理性：面对诉讼，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化处理问题，以确保诉讼过程顺畅且有效。

综上所述，面对经营单位和发票开具单位不一致的情况，您应积极采取行动，通过收集证据、确定诉讼对象与管辖法院、撰写并提交起诉状、参与诉讼过程并积极配合调查等方式，有效维护自身权益。同时，也建议您在诉讼过程中咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。