结论：若原配起诉“小三”并申请查封其100万存款，但法院未签发调查令，可通过以下途径解决：

1. 明确调查令的适用条件与法院拒绝签发的可能原因
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，调查令的签发需满足以下条件：
   
   • 申请调查的证据与案件事实直接相关，且属于当事人因客观原因无法自行收集的范畴（如银行流水、财产转移记录等）；
     
   • 申请程序合法，需在举证期限届满前向法院提交书面申请，并说明调查目的、证据线索及必要性；
     
   • 法院认为调查内容不涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密，且不违反法律禁止性规定。
     

若法院拒绝签发，可能原因包括：

• 申请调查的证据与案件关联性不足（如无法证明存款与夫妻共同财产有关）；
  
• 申请程序存在瑕疵（如未在法定期限内提出、未提供初步证据线索）；
  
• 法院认为可通过其他方式获取证据（如要求对方当事人自行提供或依职权调查）。
  

1. 针对拒绝签发的应对策略

   • 与法院沟通，补充材料或说明理由：
     若法院以“证据关联性不足”或“程序瑕疵”为由拒绝，可补充提交初步证据（如转账记录、聊天记录等），证明存款可能涉及夫妻共同财产转移，并重新提交书面申请，明确调查令的必要性。
     
   • 申请法院依职权调查取证：
     根据《民事诉讼法》第67条，若证据涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益，或当事人因客观原因无法收集，法院可依职权调查。可向法院提交书面申请，强调存款查封对案件审理的关键性，请求法院直接调取证据。
     
   • 通过诉讼保全程序间接实现目的：
     若调查令目的为查封存款，可直接申请财产保全。根据《民事诉讼法》第103条，原配可提供担保（如房产、现金等），申请法院裁定冻结“小三”名下存款。若法院认为保全申请符合条件（如存在财产转移风险），会直接作出保全裁定，无需依赖调查令。
     

2. 注意事项与风险提示

   • 证据充分性是关键：
     无论申请调查令还是财产保全，均需提供初步证据证明“小三”名下存款可能涉及夫妻共同财产（如转账记录显示资金来源于配偶账户）。若证据不足，法院可能驳回申请。
     
   • 避免滥用诉讼权利：
     若申请调查或保全的内容与案件无关，或存在恶意诉讼嫌疑，可能面临罚款、赔偿等法律后果。建议提前梳理证据链，确保申请合法合理。
     
   • 及时跟进法院反馈：
     法院拒绝签发调查令或保全裁定后，可在法定期限内（通常为10日）提出复议申请，或通过补充证据、调整诉讼策略推动案件进展。
     

建议：结合具体证据情况，优先选择财产保全程序实现查封目的；若需进一步调查存款来源，可补充证据后重新申请调查令，或请求法院依职权调查。如有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。