即使小三把钱还给了原配，原配也有权选择不撤诉。原配是否撤诉，取决于其综合考虑多种因素后的决定，以下是从不同角度的分析：
情感角度：
- 原配可能因小三的介入而深受伤害，即使小三归还了钱财，也难以弥补其内心的创伤。因此，原配可能会选择不撤诉，以维护自己的尊严和情感。
法律角度：
- 如果小三的行为已经触犯了法律，如重婚等，即使其归还了钱财，也不能免除其法律责任。原配可能会坚持让法律对小三进行制裁，因此选择不撤诉。
- 如果小三虽然还钱但存在迟延归还导致原配产生利息损失，或者还钱过程中存在故意损毁财物等其他损害原配权益的行为，原配仍然可以起诉小三要求赔偿相应的损失。
社会影响角度：
- 如果小三的行为引起了广泛的关注和舆论压力，原配可能会认为通过诉讼让小三受到应有的惩罚，能起到一定的警示作用，从而选择不撤诉。
综上所述，原配是否撤诉是一个复杂的决定，涉及情感、法律和社会影响等多个方面。因此，小三在还钱后，并不能保证原配一定会撤诉。如果小三希望原配撤诉，可以尝试通过真诚道歉、协商赔偿等方式来争取原配的谅解和撤诉。但最终的决定权在于原配，小三应尊重原配的选择。