在多方主体签订的仲裁协议中，一般情况下不能仅申请其中一个主体进行仲裁，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：仲裁协议的相对性
仲裁协议具有相对性，它通常只约束签订协议的各方主体。在多方主体共同签订一份仲裁协议的情况下，该协议通常被视为一个整体，对所有签订方都具有约束力。因此，在一般情况下，如果仲裁协议涉及多方主体，且没有特别约定，那么申请仲裁时应当将所有签订方都列为仲裁当事人，而不能仅选择其中一个或几个主体进行仲裁。
二、例外情况：仲裁协议中的特别约定或法律允许
仲裁协议中的特别约定：
- 如果仲裁协议中明确约定了可以仅对其中一方或多方主体申请仲裁，那么根据意思自治原则，这种约定是有效的。在这种情况下，申请人可以依据仲裁协议的约定，仅对约定的主体申请仲裁。
法律允许的例外：
- 在某些特定情况下，法律可能允许申请人仅对部分主体申请仲裁。例如，在涉及连带责任的情况下，如果仲裁协议的一方主体对另一方主体的债务承担连带责任，那么申请人可能有权选择仅对承担连带责任的主体申请仲裁。但这种情况通常需要具体的法律规定或仲裁规则的支持，并且可能因地区和具体案件而有所不同。
三、实际操作中的注意事项
审查仲裁协议：
- 在申请仲裁前，务必仔细审查仲裁协议的内容，特别是关于仲裁当事人的约定。如果仲裁协议没有明确约定可以仅对部分主体申请仲裁，那么应当将所有签订方都列为仲裁当事人。
咨询专业意见：
- 如果对仲裁协议的理解或应用存在疑问，建议咨询专业律师或仲裁机构的意见。他们可以根据具体的仲裁协议内容和相关法律法规，提供准确的指导和建议。
考虑仲裁效率和成本：
- 在决定是否仅对部分主体申请仲裁时，还需要考虑仲裁的效率和成本。如果仅对部分主体申请仲裁可能导致仲裁程序复杂化或增加成本，那么可能需要重新评估这一决策。
四、法律后果
- 如果违反仲裁协议的相对性原则，即仅对部分主体申请仲裁而未将所有签订方列为仲裁当事人，那么可能会面临仲裁申请被驳回或仲裁裁决被撤销的风险。因为仲裁机构或法院可能会认为这种申请违反了仲裁协议的约定或相关法律法规的规定。
综上所述，在多方主体签订的仲裁协议中，一般情况下不能仅申请其中一个主体进行仲裁。但如果有特别约定或法律允许的例外情况，那么可能可以仅对部分主体申请仲裁。在实际操作中，建议仔细审查仲裁协议、咨询专业意见，并考虑仲裁效率和成本等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。