结论是：即使公司不再运营，员工原则上仍需办理离职手续，但具体情形需结合公司状态及法律规定来分析。以下从不同角度为你详细解释：
一、公司正常清算或破产情况下的离职手续办理
公司清算：
- 当公司决定解散并进行清算时，根据《公司法》及相关规定，公司应成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务等。
- 在此过程中，公司仍需与员工结算工资、经济补偿金等，并办理离职手续，包括出具离职证明、转移社保和公积金等。
- 员工应配合公司完成这些手续，以确保自身权益得到保障。例如，及时领取应得的工资和经济补偿金，避免因公司清算完毕而无法追讨。
公司破产：
- 如果公司因资不抵债等原因进入破产程序，根据《企业破产法》的规定，破产管理人将接管公司，并处理公司的破产事务。
- 在此情况下，员工同样需要办理离职手续，并有权按照法律规定优先受偿工资、经济补偿金等债权。
- 员工应关注破产程序的进展，及时向破产管理人申报债权，并配合办理离职手续。
二、公司“消失”或无法联系情况下的离职手续办理
公司实际停止运营但未办理注销登记：
- 如果公司实际上已经停止运营，但未办理注销登记手续，从法律上讲，公司仍然存在。
- 在此情况下，员工可以尝试联系公司负责人或相关管理人员，要求办理离职手续。
- 如果无法联系到公司相关人员，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认劳动关系终止并办理离职手续。
公司已办理注销登记：
- 如果公司已经办理了注销登记手续，从法律上讲，公司已经不存在。
- 在此情况下，员工可能无法直接从公司获得离职证明等文件。但员工仍然可以保留与公司的劳动合同、工资单等证据，以证明自己与公司的劳动关系及工作经历。
- 这些证据在员工寻找新工作或申请社保、公积金等时可能起到重要作用。同时，如果公司注销前未依法支付员工工资、经济补偿金等，员工还可以向公司的股东、发起人或出资人追偿。
三、不办理离职手续的可能后果
对员工的影响：
- 不办理离职手续可能导致员工无法顺利领取应得的工资、经济补偿金等。
- 同时，缺乏离职证明等文件可能影响员工寻找新工作或申请社保、公积金等。
对公司的潜在风险（虽公司已不运营，但相关责任人可能需承担）：
- 如果公司未依法与员工办理离职手续，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。
- 这可能进一步损害公司的声誉和利益，甚至影响相关责任人的个人信用。
建议：无论公司处于何种状态，员工都应尽量与公司办理离职手续，以确保自身权益得到保障。如果遇到困难或无法联系到公司相关人员，可以及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果你有具体的劳动工伤问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。