结论：以其他方式承包农村土地，在签订合同时约定征收补偿归土地经营权人，该约定在符合法律规定且不损害国家、集体和第三人利益的情况下是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
法律背景与依据
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，在承包农村土地时，土地承包方与土地经营权人可以在合同中自由约定征收补偿的归属，这是合同自由原则的体现。
土地承包经营权与土地经营权的关系：
- 土地承包经营权是农村土地承包人对其依法承包的土地享有占有、使用、收益和一定处分的权利。而土地经营权则是从土地承包经营权中分离出来的一种权利，它允许土地经营权人依法对农村土地进行经营。在土地被征收时，土地经营权人作为实际经营者，有权获得相应的补偿，但这一权利并非绝对，需依据合同约定和法律规定来确定。
征收补偿的法律规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收补偿通常包括土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。这些费用的归属和分配，首先应依据合同约定；合同没有约定或者约定不明确的，则依照相关法律规定处理。
约定有效的条件
合同内容合法：
- 合同中的约定必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家、集体和第三人的利益。例如，约定征收补偿全部归土地经营权人，而完全剥夺土地承包方的补偿权利，这样的约定可能因违反法律规定而无效。
双方意思表示真实：
- 合同必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订合同时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了合同，那么该合同可能因意思表示不真实而被撤销或无效。
不损害公共利益：
- 合同的约定不得损害社会公共利益。如果约定征收补偿归土地经营权人，但这一约定导致了社会公共利益的受损，如影响了农村土地的合理利用、破坏了农村生态环境等，那么该约定可能因损害公共利益而无效。
实际操作中的建议
明确约定补偿项目和比例：
- 在签订合同时，应明确约定征收补偿的具体项目和比例，如土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费等应如何分配。这样可以避免在征收发生时因补偿分配问题产生纠纷。
考虑土地承包方的利益：
- 虽然土地经营权人作为实际经营者有权获得补偿，但土地承包方作为土地的所有者或承包者，也应获得一定的补偿。因此，在约定征收补偿归属时，应充分考虑土地承包方的利益，确保合同约定公平合理。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。在签订涉及征收补偿的合同时，建议咨询专业律师，以确保合同内容合法有效，避免潜在的法律风险。
可能的法律后果
合同有效：
- 如果合同约定符合法律规定且不损害国家、集体和第三人利益，那么该约定是有效的。在征收发生时，土地经营权人有权按照合同约定获得相应的补偿。
合同无效或部分无效：
- 如果合同约定违反法律规定或损害国家、集体和第三人利益，那么该约定可能无效或部分无效。在征收发生时，土地经营权人可能无法按照合同约定获得全部补偿，而需要依照相关法律规定处理补偿分配问题。
综上所述，以其他方式承包农村土地时，在签订合同时约定征收补偿归土地经营权人是有可能的，但必须确保合同内容合法、双方意思表示真实且不损害公共利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。