结论：缴纳税款本金但不缴纳违约金是否合法，需分情况讨论，主要取决于违约金的性质、法律依据及税务机关的追责程序。以下从不同角度展开分析：

1. 若违约金属于法定滞纳金，则必须缴纳，否则可能面临强制执行

根据《税收征收管理法》第三十二条，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。

• 合法性分析：滞纳金是法定强制措施，具有惩罚性和补偿性，与税款本金具有同等强制性。若仅缴纳本金而拒缴滞纳金，税务机关可采取强制执行措施（如查封、扣押财产），甚至追究刑事责任（《刑法》第二百零三条）。
  
• 例外情形：若因税务机关责任导致未缴税款（如系统错误、通知延误），纳税人可依据《税收征收管理法》第五十二条申请免缴滞纳金。

2. 若违约金属于合同约定或行政处罚，需区分性质处理

• 合同约定违约金：若纳税人与第三方（如供应商、客户）因税务问题产生合同纠纷，对方主张的违约金需依据《民法典》合同编处理。此时，违约金是否缴纳取决于合同效力及履行情况，与税务机关无关。
  
  • 合法性分析：若合同有效且纳税人违约，需按约定支付违约金；但若违约金过高（超过实际损失30%），可依据《民法典》第五百八十五条请求法院或仲裁机构调整。
    
• 行政处罚罚款：若税务机关对纳税人作出行政处罚（如偷税罚款），罚款与税款本金分属不同法律关系。纳税人必须缴纳罚款，否则可能面临更严厉的处罚（如加处罚款、限制出境等）。

3. 实务建议：分步骤应对违约金问题

1. 核实违约金性质：要求税务机关或合同相对方出具书面依据，明确违约金是法定滞纳金、行政处罚还是合同约定。
   
2. 评估合法性：若为法定滞纳金或行政处罚，需及时缴纳；若为合同违约金，可审查合同条款及实际损失，协商调整或通过法律途径解决。
   
3. 主动沟通：若因经济困难无法一次性缴纳，可依据《税收征收管理法》第三十一条申请延期缴纳或分期缴纳，但需提供担保并经税务机关批准。
   

总结：缴纳税款本金但不缴纳违约金是否合法，关键在于违约金的法律性质。法定滞纳金和行政处罚罚款必须缴纳，否则将面临法律风险；合同违约金则需根据具体情况协商或诉讼解决。如有疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对方案。